bash内实现交互界面
如gmx添加离子过程中实现离子替换水分子的过程
gmx genion -s ions.tpr -o water-ion_box.gro -p topol.top -nn 200 -nname CL -np 200 -pname NA<<EOF
2
EOF
交互
传参等见参考资料：《Shell脚本之处理用户输入》
批处理
shell脚本文件夹内文件依次执行
这个脚本非常简单，个人觉得也很实用，对于初学linux或者bash的小伙伴们，我觉得在很多地方可以解放我们的小手。写的这个脚本是因为师弟师妹们有很多高斯文件需要计算，高斯的计算文件一般以 gjf或者 com结尾。所以要师弟师妹们把文件放到一个文件夹下，然后批量执行。为了以后的方便我还写了通过识别后缀是否执行。脚本全文如下:
#!/bin/bash
for i in `ls` ;
do
echo "文件的后缀为"${i##*.}
if [ ${i##*.} = "gjf" ]||[ ${i##*.} = "com" ];then
echo $i"后缀正确，开始计算"
g09 $i
fi
done
echo "计算完成"
首先通过一个for循环结合 ls查看文件命令依次读取文件，然后用一个 if命令判定后缀是否后缀正确， ##*.表示删除最后一个点以及左边的字符。
shell脚本文件夹内文件依次执行2
#!/bin/bash
for dir in `ls`; do
if [ -d ${dir} ];then
cd $dir
###################################################################
echo 'hello world' > test.txt #运行指令放到这里
###################################################################
echo ${dir} completed
cd ..
fi
done
Minglun’s jobs submition of gromacs
#!/bin/bash
echo "Let us begin simulation!"
#build box
gmx solvate -cs spc216.gro -o water_box.gro -box 6.0 7.5 6.8 -p topol.top
#add ion
gmx grompp -f ions.mdp -c water_box.gro -p topol.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o water-ion_box.gro -p topol.top -nn 200 -nname CL -np 200 -pname NA<<EOF
2
EOF
#Energy minimization
gmx grompp -f minim.mdp -c water-ion_box.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg<<EOF
4 0
EOF
#nvt
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -deffnm nvt
gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg<<EOF
9 0
EOF
#npt
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
gmx mdrun -deffnm npt
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg<<EOF
16 0
EOF
#run MD
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
gmx mdrun -deffnm md_0_1
#analysis Hbond
gmx hbond -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -num md_0_1_Hbond.xvg<<EOF
1 1
EOF
#analysis Radial distribution function
gmx rdf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o rdf_ion_NA.xvg -ref NA -sel SOL
gmx rdf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o rdf_ion_CL.xvg -ref CL -sel SOL
Supernova’s jobs submition of gromacs
#!/bin/bash
for pep in *.pdb
do
#prepare structure
gmx pdb2gmx -f $pep -p $pep"-topol.top" -o $pep".gro" -water tip3p -ff charmm36m -ignh
gmx editconf -f $pep".gro" -d 1 -o $pep"_box.gro"
gmx solvate -cp $pep"_box.gro" -p $pep"-topol.top" -o $pep"_sol.gro"
gmx grompp -f em.mdp -c $pep"_sol.gro" -p $pep"-topol.top" -o $pep"_em" -maxwarn 1
echo 13 | gmx genion -s $pep"_em.tpr" -p $pep"-topol.top" -o $pep"_sol.gro" -neutral -conc 0.15
#run simulation
gmx grompp -f em.mdp -c $pep"_sol.gro" -p $pep"-topol.top" -o $pep"_em"
gmx mdrun -v -deffnm $pep"_em"
gmx grompp -f md.mdp -c $pep"_em.gro" -p $pep"-topol.top" -o $pep"_md.tpr" -maxwarn 2
gmx mdrun -v -deffnm $pep"_md"
done
exit
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