PBS脚本文件
PBS脚本文件由脚本选项和运行脚本两部分组成。
PBS作业脚本选项
（若无-C选项，则每项前面加‘#PBS’）
-a date_time ： date_time格式为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS] 表示经过date_time时间后作业才可以运行。
-c interval ： 定义作业的检查点间隔，如果机器不支持检查点，则忽略此选项。
-C directive_prefix ：在脚本文件中以directive_prefix开头的行解释为qsub的命令选项。（若无此选项，则默认为’#PBS’ ）
-e path ：将标准错误信息重定向到path
-I ：以交互方式运行
-j join ：将标准输出信息与标准错误信息合并到一个文件join中去。
-k keep ：定义在执行结点上保留标准输出和标准错误信息中的哪个文件。 keep为o 表示保留前者，e表示后者，oe或eo表示二者都保留，n表示皆不保留。若忽略此选项，二者都不保留。
-l resource_list ： 定义资源列表。以下为几个常用的资源种类。
cput=N ： 请求N秒的CPU时间; N也可以是hh:mm:ss的形式。
mem=N[K|M|G][B|W] ：请求N {kilo|mega|giga}{bytes|words} 大小的内存。
nodes=N:ppn=M ：请求N个结点，每个结点M个处理器。
-m mail_options ：mail_option为a：作业abort时给用户发信；为b：作业开始运行发信；为e：作业结束运行时发信。若无此选项，默认为a。
-M user_list ： 定义有关此作业的mail发给哪些用户。
-N name ： 作业名，限15个字符，首字符为字母，无空格。
-o path ： 重定向标准输出到path。
-p priority ： 任务优先级，整数，[-1024，1023]，若无定义则为0.
-q destination ： destination有三种形式： queue , @server,queue@server。
-r y|n ： 指明作业是否可运行，y为可运行，n为不可运行。
-S shell ： 指明执行运行脚本所用的shell，须包含全路径。
-u user_list ： 定义作业将在运行结点上以哪个用户名来运行。
-v variable_list ： 定义export到本作业的环境变量的扩展列表。
-V ： 表明qsub命令的所有环境变量都export到此作业。
-W additional_attributes ： 作业的其它属性。
-z ： 指明qsub命令提交作业后，不在终端显示作业号。
运行脚本同LINUX下一般的运行脚本文件。
[注]：脚本文件中的mpirun_rsh命令行中的节点列表文件要用环境变量表示 $PBS_NODEFILE 这个环境变量表示由pbs自动分配给作业的节点列表；
节点数为命令行中指定的进程数。
格式如下：
mpirun_rsh –np 进程数 –hostfile $PBS_NODEFILE 可执行程序名
qsub
命令—用于提交作业脚本
例：# qsub aaa.pbs 提交某作业，系统将产生一个作业号
qstat
用于查询作业状态信息 命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
参数说明：
-f jobid 列出指定作业的信息
-a 列出系统所有作业
-i 列出不在运行的作业
-n 列出分配给此作业的结点
-s 列出队列管理员与scheduler所提供的建议
-R 列出磁盘预留信息
-Q 操作符是destination id，指明请求的是队列状态
-q 列出队列状态，并以alternative形式显示
-au userid 列出指定用户的所有作业
-B 列出PBS Server信息
-r 列出所有正在运行的作业
-Qf queue 列出指定队列的信息
-u 若操作符为作业号，则列出其状态。若操作符为destination id，则列出运行在其上的属于user_list中用户的作业状态。
qdel
用于删除已提交的作业 命令格式：qdel [-W 间隔时间] 作业号
命令行参数：
例：$ qdel -W 15 211 15秒后删除作业号为211的作业
qsig
用于停止正在运行的作业，要停止一个正在运行的作业，可用向其发送 KILL 信号：
例：$ qsig -s KILL
常用的 PBS 环境变量：
| 环境变量 | 说明 |
|---|---|
| PBS_ENVIRONMENT | 批处理作业为 PBS_BATCH，交互式作业为 PBS_INTERACTIVE |
| PBS_JOBID | PBS 系统给作业分配的标识号 |
| PBS_JOBNAME | 用户指定的作业名称 |
| PBS_NODEFILE | 包含作业所用计算节点的文件名 |
| PBS_QUEUE | 作业所执行的队列名称 |
| PBS_O_HOME | 执行 qsub 命令的 HOME 环境变量值 |
| PBS_O_PATH | 执行 qsub 命令的 PATH 环境变量值 |
| PBS_O_SHELL | 执行 qsub 命令的 SHELL 环境变量值 |
| PBS_O_HOST | 执行 qsub 命令节点名称 |
| PBS_O_QUEUE | 提交的作业的最初队列名称 |
| PBS_O_WORKDIR | 执行 qsub 命令所在的绝对路径 |
例子
cat submit.pbs
——————————————————————-
\#!/bin/bash
\#PBS –q normal
\#PBS –l select=2:ncpus=24:mem=96G:mpiprocs=24:ompthreads=1
\#PBS –l walltime=16:00:00
\#PBS –N gromacs_example
module load gromacs/5.1.2/gcc493/impi
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun mdrun_mpi -pin on -ntomp $OMP_NUM_THREADS -s inputfile.tpr > gromacs.log
In the above script the resources are requested through the job script. Each line of the job script is explained below.
-> Choose the queue “normal”
-> reserves 2 units of 24 cpu, 96Gb memory, 24 MPI, processes and one OpenMP thread for this job
-> Request a wall time of 16 Hour
-> Name of the job defined as gromacs_example
-> Loads the environment for gromacs/5.1.2/gcc493/impi
-> Execute commands in current working directory
-> gromacs execution command with mpirun
cat submit.pbs
\#!/bin/bash
\#PBS –q gpu
\#PBS –l select=2:ncpus=24:mem=96G:ngpus=1:mpiprocs=2:ompthreads=12
\#PBS –l walltime=16:00:00
\#PBS –N gromacs_example
module load gromacs/5.1.2/gcc493/impi_cuda
cd \$PBS_O_WORKDIR
mpirun mdrun_mpi -pin on -ntomp $OMP_NUM_THREADS -deffnm md > pbs_md.log 2>&1
In the above script the resources are requested through the job script. Each line of the job script is
explained below.
-> requesting for gpu queue
-> Request 2 units of 24 CPUs, 96GB of memory, 1 gpu, and 12 threads with 2 MPI Processes
-> Request for a wall time of 16 Hours
-> Name of the job is gromacs_example
-> Load the environment for gromacs cuda version
-> Change to current working directory
-> Execute mpi version of gromacs command, because the “-v” export into error so we add 2>&1
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