Google找不到可以在这个mail box里找一下，里面有很多相关的提问和回答：mail-archive
遇到过的问题
… no domain decomposition for 20 ranks…
Fatal error:
There is no domain decomposition for 20 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 0.929375 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rcon or -dds or your LINCS settings
Look in the log file for details on the domain decomposition
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
Solution:
Use following command line: gmx mdrun -v -deffnm em -nt 8
I used the option “-nt 1” to make it work. Sometimes the simulation is too small to be divided.
sob老师说是因为原子数较少所致的域分解错误，可以用-ntmpi 1解决。
2019.2 build warnings
开发者说：The warning are harmless, something happened in the build infrastructure which emits some new warnings that we’ve not caught before the release.
具体参见：[gmx-users] 2019.2 build warnings
盐离子团聚
Q:水环境体系中K+和Cl-为什么跑完动力学以后都团聚到一块了？
A:amber99力场描述高浓度离子不合理,当年sob老师也遇到了相同的问题(doi: 10.3866/PKU.WHXB201506191)，后来改用KBFF力场就没问题了。明显是amber力场的缺陷。
Q:在研究盐对蛋白的影响，如果浓度不太高的话用amber99合理吗？比如生理环境中的137mM。
A:生理环境没问题,只要看见结晶肯定不行
更新：
这是amber力场的缺陷，通过修改LJ参数可以进行修正，具体参数见文献(注意：建议将新的离子的LJ参数和原子类型单独放在两个itp里调用，直接修改力场源文件中的参数可能效果不理想)：
- Joung I S, Cheatham III T E. Determination of alkali and halide monovalent ion parameters for use in explicitly solvated biomolecular simulations[J]. The journal of physical chemistry B, 2008, 112(30): 9020-9041.
- Auffinger P, Cheatham T E, Vaiana A C. Spontaneous formation of KCl aggregates in biomolecular simulations: a force field issue?[J]. Journal of chemical theory and computation, 2007, 3(5): 1851-1859. （文中的rmin应为0.5rmin）
- Joung I S, Cheatham III T E. Molecular dynamics simulations of the dynamic and energetic properties of alkali and halide ions using water-model-specific ion parameters[J]. The Journal of Physical Chemistry B, 2009, 113(40): 13279-13290. (文献1基础上考察更多参数)
Right hand side ‘1.0 1.0’ for parameter ‘tau_p’ in parameter file is not a real value
在NPT中使用semiisotropic的时候，若将tau_p设置为两个参数则可能会报错。实际上，与温度耦合不同，压力耦合的tau_p就是一个参数（虽然ref_p和compressibility是两个参数）。
参见mailing list: strange behaviout in 5.1.2
LINCS WARNING
因为约束而报错：
Step 500, time 0.5 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 178.962402, max 279.656189 (between atoms 2 and 3)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
3 4 85.1 4.1929 58.3083 0.2700
3 5 89.2 2.6759 61.9056 0.2700
4 5 157.9 2.7246 41.7282 0.2700
- 这种错误往往是因为topol不合理而导致的，比如约束过多的话为了满足一些约束而超出另一些约束的阈值。
- 别都用键长约束，可以换用键角的时候用键角约束替换掉一些键长约束。（如嘉兴之前做Fmoc的时候中间五元环简化成3个珠子，如果用三个键长来约束的话就会爆炸，如果用两个键长加一个键角的话就正常了。）
- 注意二面角的0°和180°是不一样的，跟表面序号有关系。（from Supernova）
MoS2-水体系跑MD只在原位置振动
如果成键参数定义的太强，则在grompp时会有如下提示：
Note 2 [file topol.top, line 45]:
The bond in molecule-type MoS between atoms 1 S1 and 6 Mo1 has an
estimated oscillational period of 6.9e-03 ps, which is less than 10 times
the time step of 1.0e-03 ps.
Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
这是因为约束强的时候化学键的振动频率高，如果低于步长的5倍之类的，那么在跑MD的过程中就会出现重原子只在原位置振动的现象，跟冻住了一样。解决方法就是增大步长或者减小成键约束。
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