Gromacs问题 Q&A

Google找不到可以在这个mail box里找一下，里面有很多相关的提问和回答：mail-archive

遇到过的问题

… no domain decomposition for 20 ranks…

Fatal error:
There is no domain decomposition for 20 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 0.929375 nm  
Change the number of ranks or mdrun option -rcon or -dds or your LINCS settings  
Look in the log file for details on the domain decomposition  
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors  

Solution: Use following command line: gmx mdrun -v -deffnm em -nt 8
I used the option “-nt 1” to make it work. Sometimes the simulation is too small to be divided.
sob老师说是因为原子数较少所致的域分解错误，可以用-ntmpi 1解决。

参见Gromacs Errors

2019.2 build warnings

开发者说：The warning are harmless, something happened in the build infrastructure which emits some new warnings that we’ve not caught before the release.
具体参见：[gmx-users] 2019.2 build warnings

盐离子团聚

Q:水环境体系中K+和Cl-为什么跑完动力学以后都团聚到一块了？
A:amber99力场描述高浓度离子不合理,当年sob老师也遇到了相同的问题(doi: 10.3866/PKU.WHXB201506191)，后来改用KBFF力场就没问题了。明显是amber力场的缺陷。
Q:在研究盐对蛋白的影响，如果浓度不太高的话用amber99合理吗？比如生理环境中的137mM。
A:生理环境没问题,只要看见结晶肯定不行
更新：
这是amber力场的缺陷，通过修改LJ参数可以进行修正，具体参数见文献(注意：建议将新的离子的LJ参数和原子类型单独放在两个itp里调用，直接修改力场源文件中的参数可能效果不理想)：

Joung I S, Cheatham III T E. Determination of alkali and halide monovalent ion parameters for use in explicitly solvated biomolecular simulations[J]. The journal of physical chemistry B, 2008, 112(30): 9020-9041.
Auffinger P, Cheatham T E, Vaiana A C. Spontaneous formation of KCl aggregates in biomolecular simulations: a force field issue?[J]. Journal of chemical theory and computation, 2007, 3(5): 1851-1859. （文中的rmin应为0.5rmin）
Joung I S, Cheatham III T E. Molecular dynamics simulations of the dynamic and energetic properties of alkali and halide ions using water-model-specific ion parameters[J]. The Journal of Physical Chemistry B, 2009, 113(40): 13279-13290. (文献1基础上考察更多参数)

Right hand side ‘1.0 1.0’ for parameter ‘tau_p’ in parameter file is not a real value

在NPT中使用semiisotropic的时候，若将tau_p设置为两个参数则可能会报错。实际上，与温度耦合不同，压力耦合的tau_p就是一个参数（虽然ref_p和compressibility是两个参数）。
参见mailing list: strange behaviout in 5.1.2

LINCS WARNING

因为约束而报错：

Step 500, time 0.5 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 178.962402, max 279.656189 (between atoms 2 and 3)
bonds that rotated more than 30 degrees:
 atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
      3      4   85.1    4.1929  58.3083      0.2700
      3      5   89.2    2.6759  61.9056      0.2700
      4      5  157.9    2.7246  41.7282      0.2700

这种错误往往是因为topol不合理而导致的，比如约束过多的话为了满足一些约束而超出另一些约束的阈值。
别都用键长约束，可以换用键角的时候用键角约束替换掉一些键长约束。（如嘉兴之前做Fmoc的时候中间五元环简化成3个珠子，如果用三个键长来约束的话就会爆炸，如果用两个键长加一个键角的话就正常了。）
注意二面角的0°和180°是不一样的，跟表面序号有关系。（from Supernova）

MoS2-水体系跑MD只在原位置振动

如果成键参数定义的太强，则在grompp时会有如下提示：

Note 2 [file topol.top, line 45]:
  The bond in molecule-type MoS between atoms 1 S1 and 6 Mo1 has an
  estimated oscillational period of 6.9e-03 ps, which is less than 10 times
  the time step of 1.0e-03 ps.
  Maybe you forgot to change the constraints mdp option.

这是因为约束强的时候化学键的振动频率高，如果低于步长的5倍之类的，那么在跑MD的过程中就会出现重原子只在原位置振动的现象，跟冻住了一样。解决方法就是增大步长或者减小成键约束。

energy分析压力时统计平均与人工平均不一致

使用gmx energy -f xxx.edr分析压力时，直接显示的压力平均值和xvg中压力平均后的数值不一致，这是因为直接显示的平均值是基于nstcalcenergy平均，而xvg中的数值为基于nstenergy输出。
压力波动大非常正常，别在意这个。要统计平均压力应当统计已经达到平衡的部分。

参考资料：

Fatal error: atom N not found in buiding block 1DC while combining tdb and rtp

jalemkul给出的解决方案：You have to interactively select the appropriate terminal patches (5TER and 3TER), otherwise the first ones in the list (NTER and CTER, for proteins) get applied and pdb2gmx chokes on the missing atoms (which rightly shouldn’t be there). 参见Help on how to solve “atom N not found in building block 1ADE while combining tdb and rtp”

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