工具
- Acpype server
- Protein Prepare:PlayMolecule
- 常见氨基酸结构、性质：氨基酸参照表
常识
离子的水合半径
离子的水合半径与离子的电荷密度、离子势有关，从2倍到14倍不等。参考常见离子的水合半径
杂记
- 纤维素可用glycam力场做（参见李老师博客）；
- gaff描述有机小分子可以，高分子的话用opls更好；
- ambertool可以做分子拓扑的拼接，比如分别做PET中间和两端的三种非标准残基，然后将其拼接起来（参见amber的官网教程）；
GMX基础
基础知识：
- 最快的运动模式为振动。
- EM–>NVT（盒子大小不变，可填补初始存在的孔洞）–>NPT（一般情况这些步骤，其实收集数据之前的都叫做预处理）。
- PBS是大型服务器的排队系统。
- ctrl+q在notepad2里面是快速注释/取消注释。
- 处理分子在盒子里跳来跳去的问题：在VMD的命令行中输入
pbc unwrap，即解决断键问题。 - 库伦只用PME，真空中无盒子时采用cut-off。
- VDW用cut-off。
rdf -f -u测试某中心分子周围分布。- 几个截断误差设置成一致，要求：不超过盒子最小长度的一半；越大越好；范围[0.9,1.3]；一般设置成1或1.2。
- tau_t设置成10以内，一般2或5（多少秒交换一次热浴）。
- tau_p设置成10以内，大于tau_t，一般5或10。
- 压缩系数用水的即可，即4.5e-5。
- 输出频率的确定：依据结果对时间的尺度和内存大小。
- 随机数种子：-1为随机，其他数值为定值，固定产生的速度。
- PME order：一般为4即可，精度要求高时可用6。
- cpt为检查点文件，含最后一步的全部信息，可用于重启计算。
- nstlist需要测试后确认，太大了来不及更新，太小了更新太快。
- 如果只在z方向有压力，则：
Pcoupletype=semiisotropic;ref_p=1,0,0; 其他做相应调整。 - 周期性加periodic_molecules。
- 力的最大容差等用默认值即可。
- 计算结果不一样可能是没收敛，两种解决方法：延长最后的MD时间；不同初始速度多跑，结果一致则收敛。
- 如果初始构型很差，两种解决方案：降低步长以逐渐优化结构；约束住含氢的键或许也行，但步长太大的话也约束不住。
- 是否平衡好了：看下温度、压力、总能量。温度容易平衡；压力不容易平衡，波动很大，所以只要均值稳定即可；蛋白可用RMSD判断是否稳定。
- 判断结果的可靠性，两个：经验；基本性质是否在范围内，如表面张力、rdf。
- MS做晶体更方便。
- packmol做出来的可能不能直接用，因为无周期性边界条件，所以加一个
-d 0.2，即加一个0.2 A的盒子，然后去预平衡。
| 力场 | 近邻列表 | 静电截断 | PME格点 | VDW类型 | VDW截断 | 是否必须用DisCorr |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gromacs-UA | 1.0 | 1.0 | 0.135 | shift/cut-off | 0.9/1.4 | 是/否 |
| OPLS-AA | 0.9 | 0.9 | 0.125 | shift/cut-off | 0.9/1.4 | 是/否 |
注：单位为nm；DispCorr只能和周期性边界条件一起使用。
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