安装
AmberTool安装
官网 下载AmberTools14.tar.bz2后移动至/home/myname/install
cd /home/myname/install
tar xvfj AmberTools15.tar.bz2
cd amber14
然后在.bashrc里加上
export AMBERHOME=/home/myname/install/amber14
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib
source ~/.bashrc 使其生效
cd $AMBERHOME
./configure gnu # 使用gcc编译器编译
# 如果安装过程中不想使用miniconda安装python，则可以自己指定python路径，python的版本有要求，注意查看
$ ./configure --with-python ~/Programs/Python-2.7.15/bin/python gnu
source amber.sh # 添加环境变量信息，也可以自己手动在~/.bashrc中添加后source一下:
test -f /THFS/home/q-nwu-jmm/Desktop/INSTALL_Xilock/amber16/amber.sh && source /THFS/home/q-nwu-jmm/Desktop/INSTALL_Xilock/amber16/amber.sh
make install
make test
注意：
- 如果同意使用miniconda安装python，则某些配置下会出现ssl报错
error:1407742E:SSL routines:SSL23_GET_SERVER_HELLO:tlsv1 alert protocol version，原因可能是openssl太旧或curl太旧等，对其升级或许可解决（参见：https://www.freebuf.com/column/165868.html，未测试）。在天河2号使用过程中遇到了该问题，为回避该问题，xilock没同意使用miniconda安装python而是指定了系统自带的python。 - 编译大概需要20min，测试大概需要2h（天河测试了6h？WTF!）。
- 有时候
make install到最后有几个error，然后若强行make install则会有部分failed和errors，但不影响AmberTool的使用？
acpype下载
acpype.py可从网站上下载
将acpype.py放到AmberTool的bin文件夹里。
用chmod a+x <acpype.py路径>给acpype.py提高权限，否则可能被denied。
可参考Amber14安装方法
使用
gview画出的mol2文件可以直接用AmberTool处理，命令如下：
acpype.py -i xxx.mol2 <-n -1> <-d>
-n 用于调整电荷量， -d 则可以显示处理细节。
注意：
- VMD导出的mol2可能不行，因为mol2文件里有成键信息，有时候小分子成键信息不正确则调用acpype会出错，故而使用前务必用gview检查结构。
参考资料
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