说明
因为要分别计算60个Ca离子的扩散系数，所以就写了这个脚本，使用时需要提供三种文件：
- .tpr
- .xtc
- .ndx
ndx文件要提前处理，利用make_ndx的’splitat’等将每个Ca写入单独的分组，如：
[CA58]
95227
[CA59]
95228
[CA60]
95229
脚本
用./文件名 运行脚本，记得提高文件权限。
Calculate_Diffusion_Ceofficient_of_Cacium_ions.sh
#!/bin/bash
#计算每一个Ca离子的msd
for ((i=1; i<=60; i ++))
do
#从第26个组开始是第1个Ca离子
nca=$[i+25]
#执行gmx命令
echo $nca | gmx msd -s nvt_50ns.tpr -f nvt_0-80ns.xtc -b 78000 -e 78750 -n index_ca -o msd_$i.xvg
#完成
done
#
#将60个Ca离子的msd文件中的第19行提取出，里面有扩散系数Df
for ((i=1; i<=60; i ++))
do
#提取第19行
sed -n 19p msd_$i.xvg >> 1.txt
done
脚本链接
参见链接
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