《斤竹精舍·游艺集》 Packmol 2019

packmol

Posted by XiLock on September 3, 2019

tethered brush

在71.97x49.86x100的盒子里填充20个P1.pdb分子，并使8号原子在z=0的表面。
其他说明：文件格式为pdb，输出文件名为P1_20.pdb

tolerance 2.0

filetype pdb
output P1_20.pdb

structure P1.pdb
  number 20
  inside box 0. 0. 0. 71.97 49.86 100
  atoms 8
    inside box 0. 0. 0. 71.97 49.86 0
  end atoms
end structure

参考资料

其它

sob不建议用packmol,genmixmen好用的多：生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem

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