Win系统下安装
操作环境：
- python-2.7–window；
- mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe；点击下载
- autodocksuite-4.2.6.i86Windows.exe；点击下载
- pymol-1.5.0.3.win32-py2.7（可视化）；
- OpenBabel-3.0.0-x86.exe（pdbqt转pdb）；
XiLock打包好的下载链接av65
安装步骤：
- 安装python
- 安装MGLTools1.5.6，路径无中文，完成后将其安装目录下的adt.bat创建快捷方式并置于工作目录，右键打开adt.bat的属性并将其“起始位置”更改为工作路径；
- 将autodocksuite-4.2.6.i86Windows.exe安装（该过程等于解压），将其中的autodock4.exe和autogrid4.exe复制到工作目录；
- pymol和OpenBabel正常安装即可。
Win系统下操作
准备工作
- 获取或建立receptor和ligand的pdb文件，去除水、不需要的杂原子；
- 双击adt.bat启动AutoDockTools；
Ligand
- Ligand>Input>Open打开ligand的pdb，软件会提示结构中的非极性氢原子、芳香碳原子个数、可旋转建等信息，点击确定即可；
- Ligand>Input>Choose，选择相应的ligand分子；
- Ligand>Output>Save as PDBQT，保存成为pdbqt文件，该文件中包含了配体结构中的原子信息和可旋转建的信息等；
注意：
DNA和RNA做ligand时要重新处理原子名称，在载入前将原子名中的单引号去掉，等对接完导出后再加上，否则可能识别不出来。
Grid
- Grid>Macromolecule>Open打开receptor的pdb文件，在左侧Dashboard窗口的选择方框中把受体蛋白勾选上，此时蛋白会变黄，即选中状态；点击Edit>Hydrogens>Add，ADT会为蛋白质加氢（由于解析技术的原因，氨基酸的氢原子在晶体结构中是不存在的，因此需要手动加氢原子）。如果第一步预处理的时候已经用其他软件加过H了，这里就不需要了。
- Grid>Macromolecule>Choose选择receptor分子，件提示结构中包含的非键原子、电荷等信息，点击确定，软件会自动弹出保存对话框，将受体保存成pdbqt文件。；
- Grid>Set Map Types>Choose Ligand，选择相应ligand分子；
- Grid>Grid Box，设置对接的盒子大小、坐标、格点数、格点距离，这一步需要自己根据不同的结构来进行具体确认。
- File>Close saving current保存盒子信息，选择Grid>Output>Save GPF，保存为protein_ligand.gpf文件；
Docking参数设置
- Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename，选择receptor的pdbqt文件，将受体蛋白质设置为刚性；
- Docking>Ligand>Choose，选择配体，设置初始位置等信息，点击Accept。
- Docking>Output>Lamarckian GA(4.2)，选择拉马克遗传算法作为对接算法，保存成为protein_ligand.dpf文件。dpf文件中包含了分子对接的参数，默认对接的构象数为10个，可以手动修改对接的构象数目（倒数第二行的ga_run 10修改为自己想要的数值）；
Run
- Run->Run Autogrid，在Log Filename和Cmd的“-l”后输入以.glg为后缀的文件名,Launch后有个小弹窗出来，等待它消失就好了，此时工作目录会多出一堆文件；
- Run->Run AutoDock，在Log Filename和Cmd的“-l”后输入以.dlg为后缀的文件名,Launch后有个小弹窗出来，等待它消失，发现多了一个dlg文件，这就是对接的最终结果，一般有10种对接方式。；
结果分析
- Analyze->Open，打开刚才生成的.dlg文件；
- Analyze->Macromolecule->Open，加上受体大分子；
- Analyze->Conformations->Play，一个个的查看刚才对接的结果；
- 导出对接结果并转换成PDB格式的数据时，点击像“&”符号的按钮，然后再点击“Write Complex”按钮生成pdbqt文件，(命名时注意不要忘了后缀名)。打开Open Babel软件，找到刚才生成的pdbqt文件，以及写好输出的pdb文件名，然后点击CONVERT按钮。
参考
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