参考资料：
无限延展的石墨烯
- VMD建模。Extension –> Modelling –> Nanotube builder，构建两个方向皆为8 nm的石墨烯，保存为GRA.gro文件。
- 设定盒子，在原有最大尺寸的基础上，x方向加2.456 A，y方向加1.418 A。这是因为在石墨烯六边形中，横向两个点间距离为2.456 A，纵向两个点间距离为1.418 A。
- 用VMD进行周期性显示，测量边界处成键距离和六边形点间距以确保盒子大小合适。
- 在力场文件夹中添加用于生成拓扑的“atomname2type.n2t”文件，内容参见上述参考资料。
- 用
gmx x2top -f GRA.gro -o GRA.top -ff select -name GRA -kb 400000 -kt 600 -kp 150生成拓扑文件GRA.top，参数解释见参考资料。（GMX内置的力场没有专门给碳球、管、板用的成键参数，但这些参数并不需要很准确，用x2top默认的参数即可。）（不建议用acpypr和ATB，此二者适用于小分子） - 检查GRA.top文件中边界原子是否有成键，若无误，删除多余内容（[moleculetype]之前的内容以及最后面的[system]和[molecule]）后改为itp文件。
- 生成或建立体系的topol.top文件。
- LJ参数：Hummer, G., Rasaiah, J. & Noworyta, J. Water conduction through the hydrophobic channel of a carbon nanotube. Nature 414, 188–190 (2001) doi:10.1038/35102535
- mdp中需添加
periodic_molecules = yes以保证体系中的“跨盒子与自身成键的分子”正确判断跨越盒子边界的键。 -
若freeze石墨烯则用NVT，若允许石墨烯运动则用NPT。
- 若报错提示：
Can not find forcefield for atom Si-39 with 0 bonds之类的报错，一般都是n2t文件的问题，检查距离是不是对的，单位（nm）是不是对的。
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