感谢李老师、Supernova和吴伟学长的指导，本文内容摘录整理自参考资料，以便用时翻阅
参考资料：
供参考用mdp文件：
流程简述
对pdb文件使用martinize.py创建粗粒化pdb和topol
python martinize.py -f protein.pdb -o topol.top -x protein_CG.pdb -name protein -ff martini22 -nt
注意：
- 要使用不带电的末端(-nt)；
- 对于蛋白要指定二级结构，使用-dssp或者-ss(dssp下载:http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ );
- 使用dssp的话指令为：
python martinize.py -f 1UBQ.pdb o system-vaccum.top -x 1UBQ-CG.pdb -dssp /pwd/to/dssp -p backbone -ff martini22 - 使用已准备的蛋白二级结构(ssd.dat)的话指定则变为:
python martinize.py -f 1UBQ.pdb -o system-vaccum.top -x 1UBQ-CG.pdb -ss ssp.dat -p backbone -ff martini22； - 生成的top没有自定义残基，若分子中包括自定义残基，则需手动解决或使用auto-martini（见《Martini力场粗粒化-实操auto_martini》）；
- 在蛋白质的模拟中，蛋白质的二级结构不仅影响粗粒化以后的珠子类型，还影响键、键角、二面角等参数。如果改变蛋白质的二级结构，可以通过两种途径：一种是基于标准的martini拓扑产生一个简单的弹性网络拓扑(在运行martimize.py时后面添加 -elastic -ef 500 -el 0.5 -eu 0.9 -ea 0 -ep 0)；另一种是通过ElNeDyn网络方法(在运行martimize.py时后面添加 -ff elnedyn22)(xilock尚未测试)；
修改topol文件
用martinize.py得到的top文件如下：
#include "martini.itp"
#include "protein.itp"
[ system ]
; name
Martini system from protein.pdb
[ molecules ]
; name number
protein 1
- 所得到的topol文件的首行指令没有指定力场的版本，若使用martini2.2则将其改为
#include "martini_v2.2.itp" - 添加离子拓扑：
#include "martini_v2.0_ions.itp"
添加水分子
- 获得单个肽的粗粒化坐标并创建其拓扑后，将该粗粒化肽加入盒子。
- 之后添加水分子，可先添加10%的抗冻水（防止模拟过程中水结冰），然后添加普通水至合理密度。两种水的gro文件可以一样（water.gro为预先在300 K，1 bar下平衡好的普通水），但抗冻水原子名和残基名均为WF，普通水均为W。
- 若用到极性水则一般为polarize-water.gro（预先在300 K，1 bar下平衡好的抗冻水）。
gmx solvate -cp p_box.gro -cs Fwater.gro -p topol.top -o p_w1.gro -radius 0.4
gmx solvate -cp p_w1.gro -cs water.gro -p topol.top -o p_w2.gro -radius 0.21
注：
- -radius标志使肽最初保持一定程度的分离，抗冻水使用-radius 0.4 nm，以保证加得很稀疏；Martini水指定以保证密度大致正确；
一般添加5-10%的抗冻水，抗冻水BP4和普通水P4的VDW参数及电荷都一样，区别在于：
- 为了破坏水冻结的晶格结构，BP4和P4之间的σ为0.57nm而非0.47nm（BP4之间或P4之间为0.47nm）；
- 为了避免抗冻水和溶剂水的相分离，BP4和P4之间的ϵ要比两者各自单独的大一个级别（BP4之间或P4之间为1.195030 kcal/mol，BP4和P4之间为1.338434 kcal/mol）；
具体参见：
平衡电荷
gmx grompp -f em.mdp -c p_w2.gro -p topol.top -o em
gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o p_ions.gro -pname NA+ -nname CL- -neutral
- 离子名称会在genion的命令行上显式添加，以确保它们与Martini中离子球的名称兼容（在文件martini_v2.0_ions.itp中定义）
- 此处可能提示Note: For accurate cg with LINCS constraints, lincs-order should be 8 or more，故Supernova在em.mdp文件中将lincs-order设为8
- 最优PME网格负载在0.25到0.33之间性能最好，可以通过调整PME的cut-off参数和格点间距实现（如果是大体系、耗时很长的话，恰当调整这两个参数可以显著降低耗时）
模拟
grompp
mdrun
注意：
- 根据Supernova的经验，随着体系的尺寸增加，范德华cut-off和静电cut-off两个参数也需要适当增加，否则体系容易崩溃，伴随大量LINC warning。
- 如果体系本身就是电中性，没有添加抗衡离子，会提示不建议使用PME的警告。不要理会他，如果真的按照他的建议使用了Cut-off的话，体系极易崩溃。
对于大多数系统，肽的团簇通常分布在系统的周期性边界上。可以使用以下命令将最终帧定格在大型cluster上：
echo 1 1 1 | gmx trjconv -f md.gro -s md.tpr -pbc cluster -center -o md_fix.gro
自定义基团的处理
使用auto-martini生成小分子/非标准残基拓扑 （暂未实操成功，推荐手动）
参见博文：《Martini力场粗粒化-实操auto_martini》
手动划分拓扑结构
资料：Parametrizing a new molecule based on known fragments
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