gmx Anaconda及MDAnalysis安装

Posted by XiLock on May 14, 2020
前言

之前在win系统下用pip安装MDAnalysis一直没有成功,问了下好像很多人都没成功,经supernova推荐,又看了下官网,决定改用conda安装,为了方便就用anaconda了。

Anaconda的安装

~~关于Anaconda,安装可参考下面两篇资料,简单概括一下:

  1. 根据系统和所想支持的python的版本,从Anaconda官网下载安装包;(xilock用的许多脚本只支持py2.7语言,所以下载py2.7,如果想用更高版本的只需后期在conda里创建相应python版本的环境。)
  2. 安装完几个G大,所以留足硬盘空间。
  3. win下直接管理员模式运行安装包即可,注意让添加path时不要添加让选择给谁安装时只给当前用户安装
  4. 安装完成后在菜单栏打开Anaconda Prompt,输入命令conda list,若显示出一大堆packages的信息则说明安装成功了。~~

重新整理版见Anaconda及python环境安装

参考资料:

  1. Anaconda介绍、安装及使用教程
  2. Anaconda详细安装及使用教程(不要参考此文安装部分,参考其总结的命令)
MDAnalysis的安装

参考资料: Installing MDAnalysis: conda-installation

简单概括一下:

1.The latest release of MDAnalysis (and the full test suite) can be installed from the conda-forge anaconda.org channel with conda:

conda config --add channels conda-forge
conda update --yes conda

2.MDAnalysis fully supports Python 3.4+ and 2.7.x (since release 0.17.0). We will install a Python 3.6 environment that we call mdaenv:

conda create --yes -n mdaenv python=3.6

3.Install MDAnalysis and the tests including data files in the mdaenv environment:

conda install --yes -n mdaenv MDAnalysis MDAnalysisTests

4.Activate the installation (has to be done in every shell, whenever you want to use MDAnalysis)(linux下激活用source不用conda):

conda activate mdaenv

5.Check success

(mdaenv) $ python -c 'import MDAnalysis as mda; print(mda.__version__)'
0.18.0

以后每次使用都用Anaconda Prompt进入目标路径后激活mdaenv环境即可。


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