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gcc
如果没有gcc和gfortran的话安装一下
yum install gcc-c++
yum install gcc-gfortran
准备包
- fftw-3.3.8.tar.gz：http://www.fftw.org/download.html
- lammps-stable.tar.gz(解压后为lammps-22Aug18)：https://lammps.sandia.gov/download.html
-
mpich-3.2.1.tar.gz：http://www.mpich.org/downloads/
- 准备工作：在 ~/Desktop/ 下建立文件夹/lammps，将三个安装包分别解压这个文件夹中；
- 创建fftw3和mpich3文件夹用来安装
fftw安装
lammps对fftw的默认调用路径为/usr/local(参见/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下的Makefile.fftw文件)，此处我们将其安装在~/Desktop/lammps/fftw：
cd ~/lammps_install/fftw-3.3.8
sudo ./configure --prefix=~/Desktop/lammps/fftw --enbale-shared=yes
sudo make
make install
附：Makefile.fftw的部分字段：
FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH = -L/usr/local/lib
FFT_LIB = -lfftw3
mpich安装
lammps对fftw的默认调用路径为/usr/local(参见/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下的Makefile.g++_mpich_link文件)，此处我们将其安装在~/Desktop/lammps/fftw：
cd ~/lammps_install/mpich-3.2.1
sudo ./configure --prefix=~/Desktop/lammps/mpich
sudo make -j4
sudo make install
（-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
编译完将mpich的路径添加到.bashrc里，如下：
# mpicxx
export PATH=/root/Desktop/lammps_install/mpich-3.4a2_installed/bin:$PATH
附：Makefile.g++_mpich_link的部分字段：
MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread
修改fftw和mpich的路径
除非安装时将fftw和mpich安装在lammps的默认路径/usr/local/，否则就需要修改fftw和mpich的路径，有两种方式，择一即可（别全改了，如果同一项在多处修改，则可能报错；如在几个文件里都修改fftw路径，则make mpi那步可能报错cannot find -lfftw3）：
- 在/lammps/lammps-22Aug18/src/Make/路径下的Makefile.mpi里修改fftw和mpich的路径，内容见上。
- 在/lammps/lammps-22Aug18/src/Make/OPTIONS路径下的Makefile.fftw和Makefile.g++_mpich_link中对路径进行修改。
并行版安装
tar xvf lammps-stable.tar.gz
打开Makefile.mpi文件，将下面这行注释掉。（由于lammps运行过程中不需要图片支持，因而将关于图片这几行斜线部分删除）
LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64
在lammps目录下：
mkdir build
cd build
cmake ../cmake/
make
cd ..
进入src：
cd src
make ps
make yes-all
make no-lib
sudo make mpi -j4
make ps是显示安装包的状态；make yes-all是安装所有包；make-no-lib是不安装有外链的包；
如果显示如下则证明安装成功，如果报错了，请仔细检查上面的步骤，如果有必要，请在/lammps/lammps-22Aug18/src中执行make clean-all（或make clean-openmpi？），清理一下，然后再来一次。
text data bss dec hex filename
30886917 55160 1612612576 1643554653 61f6a75d ../lmp_omp
make[1]: Leaving directory ‘/home/chenhuaqiang/lammps-16Mar18/src/Obj_mpi’
添加lammps的路径：
# LAMMPS
export PATH=/root/Desktop/lammps_install/lammps-3Mar20/src/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/root/Desktop/lammps_install/lammps-3Mar20/src:$LD_LIBRARY_PATH
*建议新建一个环境文件lammps，将mpich和lammps的环境和路径都放进去，每次使用前source，不用就不souce，以免mpirun混乱；当然，使用module来管理的话会更好。
测试
在lammps/example/文件夹里随便进入一个算例文件夹，mpirun -np 4 lmp_mpi -in in.filename
问题
Fatal error in PMPI_Init_thread: Other MPI error, error stack
Fatal error in PMPI_Init_thread: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(467)..............:
MPID_Init(177).....................: channel initialization failed
MPIDI_CH3_Init(70).................:
MPID_nem_init(319).................:
MPID_nem_tcp_init(171).............:
MPID_nem_tcp_get_business_card(418):
MPID_nem_tcp_init(377).............: gethostbyname failed, localhost (errno 3)
解决见参考资料：问题MPICH2 gethostbyname failed
make mpi过程中遇到问题
出现一大堆错误如：
angle_charmm_omp.cpp(90): error: "restrict" has already been declared in the current scope
可能是因为没有将mpich添加到路径里，添加完后make clean-all清理一下，然后重新make mpi -j4试试。
mpirun -np 10 LAMMPS < in.shear报错
如果在用mpirun调用过程中使用了alias的指令就会报下面的错误，故在使用mpirun的过程中一定要使用原来的名字mpirun -np 10 lmp_mpi < in.shear而非alias之后的名字（如将lmp_mpi用alias定为LAMMPS）。
[proxy:0:0@node5] HYDU_sock_write (utils/sock/sock.c:256): write error (Broken pipe)
[proxy:0:0@node5] HYD_pmcd_pmip_control_cmd_cb (pm/pmiserv/pmip_cb.c:937): unable to write to downstream stdin
[proxy:0:0@node5] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (tools/demux/demux_poll.c:77): callback returned error status
[proxy:0:0@node5] main (pm/pmiserv/pmip.c:178): demux engine error waiting for event
[mpiexec@node5] control_cb (pm/pmiserv/pmiserv_cb.c:207): assert (!closed) failed
[mpiexec@node5] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (tools/demux/demux_poll.c:77): callback returned error status
[mpiexec@node5] HYD_pmci_wait_for_completion (pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:195): error waiting for event
[mpiexec@node5] main (ui/mpich/mpiexec.c:336): process manager error waiting for completion
参考资料
安装(综合理解所有教程后，再进行安装！)
问题部分
教程
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