感谢李老师和吴伟学长的指导，搞得几次，实在是太痛苦了
使用auto-martini生成小分子/非标准残基拓扑
安装
注意auto-martini不兼容python 3.x，要在python 2.7下安装编译。
- 从github上下载auto-martini
- 下载Windows版的anaconda2. 注意, 这里要选择python2.7版本的, 因为auto-martini是用python2.7写的, 不兼容python3之后的语法
- 安装完anaconda之后, 以管理员身份运行anaconda, 进入auto-martini包所在位置
- 创建自定义的rdkit环境并安装所需的包
conda create -n py27-env python=2.7
conda activate py27-env
conda install -c conda-forge rdkit
pip install numpy
pip install beautifulsoup
pip install requests
pip install lxml
pip install Pillow
- 一般创建完环境后就有numpy；
- 若缺少其它包则使用
pip install xxx来安装，安装完用pip list和conda list瞅瞅都有啥包了; - 脚本中用到的sanifix4.py包不是pip下载的而是脚本压缩包里的，跟脚本放到同一目录下即可。
使用前进入相应的环境下： conda activate py27-env
测试
用openbabel将pdb文件转换为sdf文件后，调用auto-martini：
python auto-martini [-h] (--sdf SDF | --smi SMI) --mol MOLNAME [--xyz XYZ] [--gro GRO] [--verbose] [--fpred]
其中：
- –sdf和–smi: 输入文件, 指定其中一个就可以. 可以使用openbabel将pdb或其他格式的文件转化为sdf或者smi文件.
- –mol: 必须选项, 输出文件中残基的名称
- –xyz, –gro: 可选的输出文件
- –verbose, –fpred: 无法找到符合的参数时, 使用按原子或按片段判别珠子的方法, 准确度较差
如：python auto_martini --sdf dopa.sdf --mol DAH --gro dopa_CG.gro
有时会显示无–gro选项
完事用python auto-martini --smi "N1=C(N)NN=C1N" --mol GUA测试，屏幕输出：
;;;; GENERATED WITH auto-martini
; INPUT SMILES: N1=C(N)NN=C1N
; Tristan Bereau (2014)
[moleculetype]
; molname nrexcl
GUA 2
[atoms]
; id type resnr residu atom cgnr charge smiles
1 SP1 1 GUA S01 1 0 ; Nc1ncnn1
2 SP1 1 GUA S02 2 0 ; Nc1ncnn1
[constraints]
; i j funct length
1 2 1 0.21
但这个算例的sanitize.log文件中可能会提示结构有错，这是因为结构写的有点毛病还是啥。想正儿八经的测试，可以去ZINC库（https://zinc.docking.org/）里下载一个小分子的sdf文件来测试，完事屏幕输出itp文件的内容，sanitize.log里为空。也可以自己用DS/Gview画一个pdb结构然后用OpenBabel转换成sdf，但搞的分子不要太小，像甲烷什么的就歇着吧。
注意
- 用
conda install -c conda-forge rdkit装的包可能在factory = ChemicalFeatures.BuildFeatureFactory(fdefName)这步报错，这是因为BaseFeatures.fdef的安装路径和默认的路径不一致，但conda install -c conda-forge rdkit法安装的BaseFeatures.fdef路径太长，win下直接引用可能无法识别，所以可以将BaseFeatures.fdef拷贝到当前目录下，然后改下引用路径。
其他
rdkit是否安装成功可以用下面脚本测试
test
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4'
m = Chem.MolFromSmiles(smi)
Draw.MolToImageFile(m,"mol.png")
用python test执行之后得到png图说明能rdkit正常使用。
参考资料：
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