感谢李老师的指导，本文内容摘录整理自参考资料，以便用时翻阅
供参考用mdp文件：
工具
pyCGtool
安装（注意：只能在linux下安装，win下simpletraj包的c++编译通不过）
需要的包：
- Python 3；
- Numpy
- simpletraj:
pip install simpletraj
使用
调用指令：
pycgtool.py -g <GRO file> -x <XTC file> -m <MAP file> -b <BND file>
输入文件：gro文件、xtc文件、map文件、bnd文件。
map文件为原子映射，如：
dppc.map
; comments begin with a semicolon
[ALLA]
C1 P3 C1 O1
C2 P3 C2 O2
C3 P3 C3 O3
C4 P3 C4 O4
C5 P2 C5 C6 O6
O5 P4 O5
[SOL]
W P4 OW HW1 HW2
bnd文件为拓扑：
; comments begin with a semicolon
[ALLA]
C1 C2
C2 C3
C3 C4
C4 C5
C5 O5
O5 C1
C1 C2 C3
C2 C3 C4
C3 C4 C5
C4 C5 O5
C5 O5 C1
O5 C1 C2
C1 C2 C3 C4
C2 C3 C4 C5
C3 C4 C5 O5
C4 C5 O5 C1
C5 O5 C1 C2
O5 C1 C2 C3
charmm-gui
参考资料：
- Martini实例教程：新分子的参数化
- 英文版教程-Martini tutorials: polymers
- 中文版教程Martini实例教程：聚合物
- 珠子参数化英文教程-Parametrizing a new molecule based on known fragments
- 珠子参数化中文教程-Martini实例教程：新分子的参数化
- martini原文·Table.3为珠子类型
- 另：gromacs粗理华建模程序PyCGTool，参见李老师博客
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