常用指令
- 任务管理系统使用的是slurm，差别就是把slurm命令中的s替换成yh，得到 yhrun、yhbatch、yhqueue 等一系列命令。
- 查看节点状态：
yhi,yhinfo,sinfo - 提交命令：
yhbatch，具体使用方法参见slurm文件； - 已用机时：
time； - 查看正在运行的序列：
yhq； - 取消作业：
yhcancel job_ID - 作业用量查询：
yhreport Cluster AccountUtilizationByUser start=1/1/15 end=now -t hour user=用户账号； - 查看已用机时：
yhreport Cluster UserUtilizationByAccount -t hour start=1/5/20 end=now； - 占用节点：
salloc -N 1 -p v3_ib，这抢占一个节点，然后执行squeue 查看节点名称，再ssh到指定的计算节点，然后再去您需要执行命令的目录下直接执行就可以了； - 控制节点切换：
ssh ln3，切换到控制节点ln3；
slurm文件说明
- -p: 任务运行分区。可用分区通过yhi命令查看。
- -N: 节点数。希望作业运行在几个节点上。
- -n: 任务数。在MPI作业中，即进程数。（在非MPI作业中，如非mpi版gmx中，要指定其为1？）
- -c: 每个任务需要ncpus 个处理器核，该值默认为1，非openMP程序一般用不到，指定了也不影响运行。
- -x: 不给哪些节点分配给作业–exclude=node name list
-
-w: 分配给哪些节点–nodelist=node name list
- yhrun的执行效果和mpirun一致。
- 天河2是独享作业，当一个节点上已经被分配出去之后，即便没有使用全部的核心，也无法继续提交作业，所以计费也是以节点为基本单元计算核时！！
slurm示例
gromacs without MPI
job_gmx2019.slurm
#!/bin/bash
###########################################################################################
# gromacs_2019.6: yhbatch ./job.slurm jobname (such as: yhbatch ./job.slurm nvt_30ns) #
###########################################################################################
#SBATCH -p qnyh # Queue
#SBATCh -N 1 # Node count required for the job
#SBATCH -n 1 # Number of tasks to be launched
#SBATCH -J Oxygen # Job name
#SBATCH -o %J.out # Standard output
#SBATCH -e %J.err # File in which to store job error messages
#SBATCH -x cn1147 # Do not distribute task to node: cn1147
export LC_ALL=C
export I_MPI_FABRICS=shm:tcp
echo 'For you, a thousand times over! --for HAN'
# gromacs 2019.6
BASENAME=$1
#------ No-MPI version ------
gmx mdrun -v -deffnm $1 -ntmpi 4 -pin on
gromacs with MPI
job_gmx2019_mpi.slurm
#!/bin/bash
###########################################################################################
# gromacs_2019.6: yhbatch ./job.slurm jobname (such as: yhbatch ./job.slurm nvt_30ns) #
###########################################################################################
#SBATCH -p qnyh # Queue
#SBATCh -N 1 # Node count required for the job
#SBATCH -n 2 # Number of tasks to be launched
#SBATCH -c 12 # Number of cpu per task
#SBATCH -J Oxygen # Job name
#SBATCH -o %J.out # Standard output
#SBATCH -e %J.err # File in which to store job error messages
#SBATCH -x cn1147 # Do not distribute task to node: cn1147
export LC_ALL=C
export I_MPI_FABRICS=shm:tcp
echo 'For you, a thousand times over! --for HAN'
# gromacs 2019.6
BASENAME=$1
#------ MPI version ------
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -v -deffnm $1 -ntomp 12
注意：
#SBATCH里的-n和-c实际上是分别跟后面mpirun gmx_mpi里的-np和-ntomp对应的，申请多少个任务数-n后面-np才能调用多少个，如果申请的少了则会报slot不足（There are not enough slots available in the system to satisfy the 4 slots that were requested by the application），如果申请多了则会变成一个任务跑多次。如上例，申请2个任务，每个任务分配24个核，后面mpirun时则是调用2个任务，每个分配12个openmpi。
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参考资料
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