用VMD转换data文件
参见博文《VMD在LAMMPS中的应用》
moltemplate
安装
其实不用安装，因为lammps_root/tools里就有，如果需要安装，参见：http://www.moltemplate.org/download.html
使用
Example可参见：http://www.moltemplate.org/visual_examples.html
以“Coarse-grained lipid bilayer”为例：
给moltemplate准备的输入文件：
- xyz文件：system.xyz
- moltemplate文件：lipid.lt、water.lt、system.lt
具体步骤如下：
- 用packmol等生成体系的xyz文件；
- 编写lipid.lt和water.lt文件。二者分别包括了1个lipid和1个water的分子的原子参数及成键/非键相互作用参数，可以先用topotools来生成1个lipid和1个water的data文件然后在其基础上进行修改来得到。
- 编写system.lt文件。其中包括了导入lipid.lt与water.lt的信息以及对全系统的处理，如：分别导入多少个lipid分子、多少个water分子，lipid分子中原子与water分子中原子的非键相互作用参数等。
- 用moltemplate来基于system.xyz和system.lt生成
moltemplate.sh -xyz system.xyz system.lt。
参考：
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