模拟过程
DPD的模拟过程可以参考help里的tutorial。
注意事项
- 建立bead的时候可以有两种方式：一种是在Build->Build Mesostructure->Coarse Grain->More->Motion Group里Create；另一种是直接在Build->Build Mesostructure->Beads types里直接创建。对于三个水分子形成一个Bead的情况，用前一种方法无法构建（因为无法把几个片段合为一个Bead），只能用后者；
- 对于DPD而言，使用Constrain进行约束时并不能完全rigid约束住，其实质还是用restrain进行约束。所以对于DPD的约束，不要使用constrain进行约束，用restrain进行约束，定义完restrain之后constrain里会自然勾选上。
Flory-Huggins参数
tutorial里有几种方法，这里简述2种：blend法和amouphous法。flory-huggins参数可以从blends模块，也可以从amorphous中得到，在分析的能量里的内聚能密度里，分析的结果里就可以看到。
一·blend法：
- 画出模拟体系中的结构并进行优化；
- 借助于BLENDS模块导入分子；
- 分别选择Base和Screen进行混合；
- 分析输出中的参数x(希腊字母，读作chi)即是Flory-Huggins参数。
法二2·amorphous法：
用BLEND计算结果并不准确，考虑不了珠子具体分子片段的构形效应，采用amorphous会好一点，但比BLEND计算量大不少。
- 用amorphous cell建盒子，构型优化，然后跑MD；
- 平衡后用AC模块中的分析，选Energy，用Cohesive energy density对其分析
参考资料
- 祖师文献：Dissipative particle dynamics: Bridging the gap between atomistic and mesoscopic simulation
- 求教DPD高手怎样用amorphous cell计算Flory huggins参数
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