使用说明
指定力场
- MS中对建好的*.cif模型文件指定力场。Modulus => Discover => Setup => Select => cvff（新版本在forcite模块中指定为cvff力场，注意不要执行run，直接关闭。）；
- 然后把Typing中,List all forcefield types前面的勾选去掉；
- 最后点选,Calculate
- 把模型导出为.car格式，将同时生成.car 和*.mdf文件。
生成可执行程序msi2lmp.exe
/lamps-30Jul16/tools/msi2lmp/src文件夹下执行make命令，将会生成msi2lmp.exe可执行文件。
转化*.data
- 将lammps目录下tool/msi2lmp/frc_files文件夹拷贝到临时目录；
- 将第一步生成的.car和.mdf文件（如benzene-class1.car和benzene-class1.mdf）和第二步得到的msi2lmp.exe拷贝到frc_files文件夹下；
- 由于/frc_files中已经存在各种所需的力场，所以不再需要拷贝cvff.frc；
- 然后在此文件夹下输入命令：
./msi2lmp.exe benzene-class1 -class I -frc cvff.frc -i –n，生成的XXX.data就是需要的data文件。
说明
- 需要在src文件夹下执行make命令后才会生成msi2lmp.exe，否则无法找到。
- 不能把.car和.mdf文件和第二步得到的msi2lmp.exe拷贝到自己建的单独文件夹中，虽然有人说可以这么做，但实测发现会报错“/frc_files/cvff.frc cannot”。
- 第三步只生成*.data文件，并不像‘有些文档’所说的会生成两个文件。具体原因可能是版本不同？
-
命令中“I”是罗马字母1，不是字符“$ $”或1。 - 具体命令的含义参见/lammps-30Jul16/tools/msi2lmp/中的README。
- 因为msi2lmp很久没更新了，有些力场参数之类的可能没有，调用时会报错：
unable to find …… data（原因见参考资料）。如msi2lmp Unable to find bond data for cp n就是说找不到这两种原子的成键信息，但xilock检查生成的data文件后发现成键信息是有的，但成键参数都是0，所以添加上成键参数就行了（其他情况具体分析）。 - 如果是直接对晶胞进行处理，则需要先
make P1来吧结构对称性去掉，否则会报错：“Msi2LMP is not equipped to handle symmetry operations” - frc文件未必完成，调用前可根据情况进行补充，例如：https://lammps.sandia.gov/threads/msg46719.html。
附录
msi2lmp的部分README内容
The program is started by supplying information at the command prompt
according to the usage described below.
USAGE: msi2lmp.exe <ROOTNAME> {-print #} {-class #} {-frc FRC_FILE}
{-ignore} {-nocenter} {-shift # # #}
-- msi2lmp.exe is the name of the executable
-- <ROOTNAME> is the base name of the .car and .mdf files
-- -2001
Output lammps files for LAMMPS version 2001 (F90 version)
Default is to write output for the C++ version of LAMMPS
-- -print (or -p)
# is the print level 0 - silent except for error messages
1 - minimal (default)
2 - verbose (usual for developing and
checking new data files for consistency)
3 - even more verbose (additional debug info)
-- -ignore (or -i) ignore errors about missing force field parameters
and treat them as warnings instead.
-- -nocenter (or -n) do not recenter the simulation box around the
geometrical center of the provided geometry but
rather around the origin
-- -oldstyle (or -o) write out a data file without style hints
(to be compatible with older LAMMPS versions)
-- -shift (or -s) translate the entire system (box and coordinates)
by a vector (default: 0.0 0.0 0.0)
-- -class (or -c)
# is the class of forcefield to use (I or 1 = Class I e.g., CVFF, clayff)
(O or 0 = OPLS-AA)
(II or 2 = Class II e.g., CFFx, COMPASS)
default is -class I
-- -frc (or -f) specifies name of the forcefield file (e.g., cff91)
If the file name includes a directory component (or drive letter
on Windows), then the name is used as is. Otherwise, the program
looks for the forcefield file in $MSI2LMP_LIBRARY (or %MSI2LMP_LIBRARY%
on Windows). If $MSI2LMP_LIBRARY is not set, ../frc_files is used
(for testing). If the file name does not end in .frc, then .frc
is appended to the name.
For example, -frc cvff (assumes cvff.frc is in $MSI2LMP_LIBRARY
or ../frc_files)
-frc cff/cff91 (assumes cff91.frc is in cff)
-frc /usr/local/forcefields/cff95
(assumes cff95.frc is in /usr/local/forcefields/)
By default, the program uses $MSI2LMP_LIBRARY/cvff.frc or
../frc_files/cvff.frc depending on whether MSI2LMP_LIBRARY is set.
-- the LAMMPS data file is written to <ROOTNAME>.data
protocol and error information is written to the screen.
参考资料
- msi2lmp生成data文件
- 关于msi2lmp出错unable to find…..data的解析——Pcff力场分配参数流程
- msi2lmp使用方法-msi2lmp程序的README文件翻译
- 利用msi2lmp工具转换Materials Studio模型到lammps模型时出现多余原子错误
- 一份分子动力学模拟资源 lammps+MS 适合初学者
- Msi2LMP is not equipped to handle symmetry operations
- Building LAMMPS data files with car/mdf files and the msi2lmp utility
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