安装-linux
- 从https://github.com/grimme-lab/xtb/releases上下载”.tar.xz”格式文件并解压到xtb文件夹中得到bin、lib64等文件夹.
tar -xvf xxx.tar.xz解压文件- 添加环境变量（见下，其中N是并行计算时使用的CPU核心数，不要超过CPU的物理核心数，sob老师测试过说12核时最优），
export OMP_STACKSIZE=1000m中1G对应1000个原子，超出了报错segmentation fault
# xtb
export PATH=$PATH:/public4/home/pgv3848/Desktop/xtb-6.4.0/bin
export XTBPATH=/public4/home/pgv3848/Desktop/xtb-6.4.0
export OMP_NUM_THREADS=12
export MKL_NUM_THREADS=12
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited
使用
输入文件为xyz格式，控制指令以通过xtb -h查看，可以直接用命令行也可以用控制文件（见sob文），如果用命令行则常见如下：
-c或--chrg：设定体系净电荷-u或--uhf：设定alpha电子数减beta电子数（相当于自旋多重度减1）-g或--gbsa：使用隐式溶剂模型。目前支持的溶剂有toluene、thf、methanol、h2o、ether、chcl3、acetonitrile、acetone、cs2--molden：计算结束后产生molden.input，这是Molden输入文件--gfn：选择GFN-xTB理论的版本，可以为0、1、2。如–gfn 0就代表GFN0-xTB。GFN2-xTB物理上最严格，多数情况精度最佳，但有时候SCF收敛困难；GFN1-xTB不如GFN2-xTB严格，平均精度稍逊一点，但SCF收敛容易（因此明显更适合SCF难收敛的金属团簇等情况），耗时也比GFN2-xTB低一些。GFN0-xTB精度最烂但速度也最快，非常适合快速简单粗暴地搞巨大体系，但对于找过渡态的目的就太糙了而不建议用
常用任务类型：
--sp：计算单点（此为默认，可不写）--grad：计算梯度--opt [级别]：几何优化。级别默认为normal，更佳的是tight、verytight、extreme--hess：计算数值Hessian并做振动分析--ohess [级别]：优化后自动计算Hessian并做振动分析--md：基于当前结构做分子动力学（目前xtb还支持metadynamics，详见手册）--omd：优化后做分子动力学
如：
- 对yoshiko.xyz做真空中的单点计算，电荷为1，自旋多重度为2（alpha比beta电子多1个）：
xtb yoshiko.xyz --chrg 1 --uhf 1 -sp -
对yohane.xyz做甲苯溶剂下优化和振动分析。体系是默认的中性单重态：
xtb yohane.xyz --ohess --gbsa toluene - xtb运行时一方面会在屏幕上输出信息，同时也会在当前目录下产生一大堆文件。这些文件的含义在自带的文档里有说明。
- xtb目前有解析梯度，但只支持数值Hessian。
--hess或-ohess任务做完会输出g98.out和g98_canmode.out。前者是模仿高斯freq输出格式来输出频率、红外强度、正则坐标。后者没用。 --opt任务产生的xtbopt.xyz是最后结构的xyz坐标文件，其中第二行是对应的能量。xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件，后缀改为.xyz后就可以拖入VMD查看优化轨迹。- Multiwfn可以载入xtb用
--molden产生的molden.input文件做十分丰富的波函数分析，具体见sob文.
参考资料
- 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
- 将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
- 如何解压缩 tar.xz 文件
- 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
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