MolClus

Posted by XiLock on March 10, 2021

直接用molclus结合gentor就能方便地对过渡态做构象搜索 molclus计算前把涉及反应区域的原子序号写进settings.ini里的freeze里令其在优化时保持冻结即可,对于调用xtb的情况也生效。

  1. gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
  2. 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
  3. 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

sob在萃取体系溶剂化自由能求助提到,要注意复合物可能有很多种构型,计算时应当选取能量最低的。可以用genmer+molclus做构型搜索来实现,看下面的介绍和实例。其中对于弱相互作用计算级别的正当选用也有充分体现

  1. genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
  2. molclus官网


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