Mopac

Posted by XiLock on April 17, 2021

安装

安装-Win

把下载到的程序压缩包解压到C:\Program Files里,并且把目录名改为MOPAC。进入此目录,选中license文件。然后右键点它选“打开”,并指定用MOPAC2012.exe来打开,并且把MOPAC2012.exe设定为默认的打开.mop文件的程序。然后在MOPAC2012的程序窗口里选中Graphic1窗口,敲几下回车,然后把白色窗口的滚动条拉到最下面,如果显示让你输入Yes,就在Graphic1窗口输入yes并回车,然后选“是”,激活即完成。之后直接双击各种.mop后缀名的输入文件即可运算。

安装-linux
下载安装包

下载安装包并解压到目标文件夹,如MOPAC2016_for_CentOS-7

添加环境变量
# Mopac
export MOPAC_LICENSE=/public4/home/pgv3848/Desktop/MOPAC2016_for_CentOS-7
export PATH=$PATH:/public4/home/pgv3848/Desktop/MOPAC2016_for_CentOS-7
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public4/home/pgv3848/Desktop/MOPAC2016_for_CentOS-7
alias  mopac='/public4/home/pgv3848/Desktop/MOPAC2016_for_CentOS-7/MOPAC2016.exe'
lisence

将license文件置于目录下, 运行 MOPAC2016.exe [license文件名] ,然后按回车,输入Yes,再回车,同目录下就生成了认证文件password_for_mopac2012,之后就可以正常使用了。

使用

MOPAC在Linux下的使用方法:比如运行a.mop,就输入MOPAC2016 a.mop。会在同目录下得到.out、.arc等文件。Windows版也可以先进入DOS然后用这样的命令行来运行。

可视化

参考资料:MOPAC2XYZ:将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具

注意

  1. GPU加速效果有限,可暂时无视。
  2. 在MOPAC2012 13.331W版里,对于MOZYME计算,用单线程和4线程实际上速度基本没有差异。由于并行化目前还没带来什么效果,为了最大程度利用计算资源,如果有n个核,可以同时算n个任务。
  3. MOPAC原本是不支持并行的,MOPAC2012才刚刚支持并行,估计是程序现阶段还没把MOZYME的并行化搞好。
  4. mopac默认做结构优化而非单点。

参考资料:

  1. sob:MOPAC的安装方法
  2. 应用:大体系弱相互作用计算的解决之道
  3. MOPAC2016安装教程
  4. 用MOPAC做结构优化


手机版“神探玺洛克”请扫码