粘度
GROMACS可以计算体系的粘度（本体粘度和剪切粘度），计算粘度的方法有很多种，在Gromacs中就提供了三种，分别是
- Green-Kubo/EINSTEIN RELATION：利用压力的XY、XZ、YZ计算粘度，gmx中无直接命令，需自己编程.
- 横流自相关函数（TACF）方法：比Green-Kubo并无优势，用起来不方便.
- 周期扰动法(一种NEMD）:gromacs支持的独特方法，模拟过程中对体系粒子施加外力，计算速度快.
周期扰动法属于NEMD，因为粘度 本身是反映流体流动阻力的量，所以给体系一个扰动，然后测体系的流动性质，就能反映出体系的粘度来，比如说给体系一个水平方向上的力，体系形成一个层流，然后测层间的速度梯度，那么力与速度梯度的比值就是剪切粘度.
另外粘度还分很多种：
- Dynamic viscosity (or absolute viscosity) determines the dynamics of an incompressible Newtonian fluid;
- Kinematic viscosity is the dynamic viscosity divided by the density for a Newtonian fluid;
- Volume viscosity (or bulk viscosity) determines the dynamics of a compressible Newtonian fluid;
- Shear viscosity is the viscosity coefficient when the applied stress is a shear stress (valid for non-Newtonian fluids);
- Extensional viscosity is the viscosity coefficient when the applied stress is an extensional stress (valid for non-Newtonian fluids).
gmx中的周期扰动法
在mdp中添加cos-acceleration=g，其中g代表不同z位置的粒子在x方向施加不同的加速度g（nm/ps2）,一般用0.05.将nstenergy=100，通常用扰动法模拟200ps足够得到统计误差较小的粘度值.使用gmx energy -f vis.edr，选1/viscosity，将结果取倒数得到粘度.
注意：
- 一般来说，施加的加速度越小，计算得到的粘度越大.
- 粘度越低，粘度受加速度影响越小，但总是需要外推得到零加速度下的粘度.
- 对于大部分流体，可以计算0.01-0.04 nm/ps**2 加速度下的粘度，然后外推到零加速度.
- 不要盲目追求和实验越近，影响误差的因素太多，明显不光是这个参数的事.对于考虑参数的选取问题，应当看的是什么数值和理论的极限值基本相符.原理上cos-acceleration越小越好，但需要越长时间的模拟.
- mdp参数设置、力场参数、用的模型，都可能显著影响粘度的结果，本来粘度就对参数很敏感.要和文献对比应当把这些条件尽量弄相同.
参考资料
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