Gaussian 安装

安装

Gaussian版本

先查看指令集：

cat /proc/cpuinfo

如果包含有avx2字眼，建议您使用支持AVX2指令集的Gaussian版本；
如果包含有avx字眼（无论有无sse4_2或sse4a字眼），建议您使用AVX指令集的Gaussian版本。
如果包含有sse4_2或sse4a字眼而没有avx字眼，建议您SSE4.2指令集的Gaussian版本；
如果您的集群既有Legacy又有AVX等机器，为了避免出错，建议您用Legacy版本。
如果什么都不出现或仅有空白行，则您的机器不能支持SSE4.2或AVX指令集，需要使用Legacy版本进行安装；

解压缩

把Gaussian压缩包解压到/public3/home/sc55652/Desktop/G16_install/目录下

不同格式解压缩文件解压方式

tar -Jvxf foo.tbj
tar -jxf foo.tbz
tar -zvxf foo.tgz

创建临时文件夹

建立一个文件夹用于储存Gaussian运行过程中产生的临时文件，位置随意。比如：/public3/home/sc55652/Desktop/G16_install/g16/scratch。

添加环境变量

# Gaussian 16
export g16root=/public3/home/sc55652/Desktop/G16_install
export GAUSS_SCRDIR=/public3/home/sc55652/Desktop/G16_install/g16/scratch
source /public3/home/sc55652/Desktop/G16_install/g16/bsd/g16.profile

source ~/.bashrc使环境变量生效

对于集群，有时需要加：

设置计算核数和内存

Gaussian目录下的Default.Route用来设定默认用的计算资源（如果没有此文件就新建一个），-M-设置默认用的最大内存量（一般用MB或GB为单位），-P-设置默认用多少CPU核数来并行计算。比如我们想默认用36个核心、最大60GB内存做计算，就在/home/sob/g09/Default.Route里面写入以下内容

-M- 60GB
-P- 36

此文件中的设置优先级低于输入文件里的%mem和%nproc设置。

修改权限

切换到/public3/home/sc55652/Desktop/G16_install/g16/目录，运行chmod 750 -R *命令，对当前目录下所有文件和所有子目录下的文件都设置权限。

问题

Error: illegal instruction , illegal opcode

这说明Gaussian和你的CPU不兼容，两种可能：

你的CPU太老，不支持Gaussian在开发者编译程序的时候使用的指令集。换Gaussian版本吧。
处理器太新，Gaussian采用PGI编译，AMD Zen+/Zen2出现于Gaussian 16 B.01发布之后，因此G16 B.01以及之前的版本无法正确识别比它晚出现AMD CPU, 也无法识别Zen+构架的AVX2指令集，导致AVX2指令集的Gaussian无法在Zen+构架下使用，报错。可通过添加额外环境变量export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge解决。

参考资料

手机版“神探玺洛克”请扫码

安装