前言
之前在win系统下用pip安装MDAnalysis一直没有成功,问了下好像很多人都没成功,经supernova推荐,又看了下官网,决定改用conda安装,为了方便就用anaconda了。
Anaconda的安装
关于Anaconda,安装可参考下面两篇资料,简单概括一下:
- 根据系统和所想支持的python的版本,从Anaconda官网下载安装包;(xilock用的许多脚本只支持py2.7语言,所以下载py2.7,如果想用更高版本的只需后期在conda里创建相应python版本的环境。)
- 安装完几个G大,所以留足硬盘空间。
- win下直接管理员模式运行安装包即可,注意让添加path时不要添加,让选择给谁安装时只给当前用户安装。
- 安装完成后在菜单栏打开Anaconda Prompt,输入命令
conda list
,若显示出一大堆packages的信息则说明安装成功了。
Windows系统安装Anaconda
注意:
- 如果在安装过程中遇到任何问题,那么暂时地关闭杀毒软件,并在安装程序完成之后再打开。
- 目标路径中不能含有空格,同时不能是“unicode”编码。
安装
- 前往官方下载页面下载。完成下载之后,双击下载文件,启动安装程序。
- 选择“Next”。
- 阅读许可证协议条款,然后勾选“I Agree”并进行下一步。
- 除非是以管理员身份为所有用户安装,否则仅勾选“Just Me”并点击“Next”。(如果在安装时选择了“为所有用户安装”,则卸载Anaconda然后重新安装,只为“我这个用户”安装。)
- 在“Choose Install Location”界面中选择安装Anaconda的目标路径,然后点击“Next”。 1.. 在“Advanced Installation Options”中不要勾选“Add Anaconda to my PATH environment variable.”(“添加Anaconda至我的环境变量。”)。因为如果勾选,则将会影响其他程序的使用。如果使用Anaconda,则通过打开Anaconda Navigator或者在开始菜单中的“Anaconda Prompt”(类似macOS中的“终端”)中进行使用。
- 除非你打算使用多个版本的Anaconda或者多个版本的Python,否则便勾选“Register Anaconda as my default Python 3.6”。
- 然后点击“Install”开始安装。如果想要查看安装细节,则可以点击“Show Details”。
- 点击“Next”。
- 进入“Thanks for installing Anaconda!”界面则意味着安装成功,点击“Finish”完成安装。
- 验证安装结果:“开始 → Anaconda3(64-bit)→ 右键点击Anaconda Prompt → 以管理员身份运行”,在Anaconda Prompt中输入 conda list ,可以查看已经安装的包名和版本号。若结果可以正常显示,则说明安装成功。
python的安装
简单概括一下: We will install a Python 3.6 environment that we call py36env:
conda create --yes -n py36env python=3.6
Activate the installation (has to be done in every shell, whenever you want to use MDAnalysis)(linux下激活用source不用conda):
conda activate py36env
以后每次使用都用Anaconda Prompt进入目标路径后激活py36env环境即可。
参考资料
- Anaconda介绍、安装及使用教程
- Anaconda详细安装及使用教程(不要参考此文安装部分,参考其总结的命令)
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