Pool:分子模拟软件汇总

Posted by XiLock on December 10, 2022

蛋白质工程的计算工具

protein structure
  1. MODELLER
  2. I-TASSER
  3. trRosetta
molecular docking
  1. AutoDock
  2. UCSF DOCK
  3. rDock
protein channel
  1. Caver Analyst
  2. CHEXVIS
ligand transport

配体通道工具的是基于分子对接方法预测配体与蛋白之间结合与解结合过程的结构变化,目前应用于蛋白从头设计工程:

  1. CaverDock
MM
  1. GROMACS
  2. AMBER
  3. NAMD
QM and MM
  1. Gaussian
  2. ORCA
QM/MM
  1. ChemShell
protein design
  1. HotSpot Wizard
multipurpose
  1. Rosetta

用于预测突变效果的工具

protein-protein interactions
  1. MutaBind
  2. iSEE: Be provided as an R-mode
  3. mCSM-PPI2
interactions of the protein with nucleic acids and ligands
  1. mCSM-NA
  2. PremPDI
  3. mCSM-lig
protein dynamics and stability
  1. DynaMut

参考资料:计算机蛋白质设计的工具


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