- 体系界面需要垂直于Z方向,模拟一定时间.
- 根据下式计算(不是用平均压力,而是把每一帧的压力分量代入式子,然后再对结果取平均):γ=(1/n)Lz<P_zz-(P_xx+P_yy)/2>
- 其中,n代表体系的界面数,比如一层水上下都是空气的体系n=2。Lz是盒子Z方向的长度。<>代表取时间平均。γ一般是mN/m单位,即毫牛每米。P_xx/yy/zz是各方向的压强。
- 对于gmx,Lz以nm为单位,g_energy输出的P_xx/yy/zz以bar为单位。1bar=100000N/m^2=1D8 N/m^2,1nm=1D-9 m,因此把gmx的数值代入后,除以10就得到了nN/m单位下的表面张力
注:
- 可以先算个水+气的表面张力确认过程无误。
- 液体可压缩系数很小,压力波动很大很正常。
- pcoupltype不用选择surface-tension。
- 先用NPT把盒子跑平衡,然后NVT就可以,不控压,不用semiisotropic
- 要么取平均z轴长度,要么先NPT平衡后再改用NVT。对于气液界面体系,一般都用NVT或者让z方向可压缩系数为0,所以不存在z方向长度的含糊性
参考资料:
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