[ bondedtypes ] ; bonds angles dihedrals impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih 1 1 9 4 1 3 1 0 [ CLEC ] [ atoms ] ;atom type charge nr ; qtot bond_type N N -0.451899 9 ; qtot -0.452 H H 0.305500 10 ; qtot -0.146 CA CT 0.075700 11 ; qtot -0.071 HA H1 0.083700 18 ; qtot -0.270 C C 0.601101 12 ; qtot 0.530 CB CT -0.084400 13 ; qtot 0.446 HB1 HC 0.079700 19 ; qtot -0.191 HB2 HC 0.079700 20 ; qtot -0.111 CG CT -0.064700 14 ; qtot 0.381 HG HC 0.055700 21 ; qtot -0.055 CD1 CT -0.092100 15 ; qtot 0.289 CD2 CT -0.092100 16 ; qtot 0.197 HD11 HC 0.035200 22 ; qtot -0.020 HD12 HC 0.035200 23 ; qtot 0.015 HD13 HC 0.035200 24 ; qtot 0.051 HD21 HC 0.035200 25 ; qtot 0.086 HD22 HC 0.035200 26 ; qtot 0.121 HD23 HC 0.035200 27 ; qtot 0.156 OXT O -0.551001 17 ; qtot -0.354 O OH -0.603101 28 ; qtot -0.447 H29 HO 0.447000 29 ; qtot -0.000 [ bonds ] ; ai aj r k -C N 1.3450e-01 4.0016e+05 ; - N H 1.0090e-01 3.4326e+05 ; - N CA 1.4600e-01 2.7665e+05 ; - CA C 1.5080e-01 2.7472e+05 ; - CA CB 1.5350e-01 2.5363e+05 ; - CA HA 1.0930e-01 2.8108e+05 ; - C OXT 1.2140e-01 5.4225e+05 ; - C O 1.3060e-01 3.9028e+05 ; - CB CG 1.5350e-01 2.5363e+05 ; - CB HB1 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CB HB2 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CG CD1 1.5350e-01 2.5363e+05 ; - CG CD2 1.5350e-01 2.5363e+05 ; - CG HG 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CD1 HD11 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CD1 HD12 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CD1 HD13 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CD2 HD21 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CD2 HD22 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - CD2 HD23 1.0920e-01 2.8225e+05 ; - O H29 9.7400e-02 3.0928e+05 ; - [ angles ] ; ai aj ak theta cth -C N H 1.1846e+02 4.1179e+02 ; - - -C N CA 1.2135e+02 5.3488e+02 ; - - N CA C 1.1156e+02 5.5789e+02 ; - - N CA CB 1.1213e+02 5.5103e+02 ; - - N CA HA 1.0932e+02 4.1689e+02 ; - - H N CA 1.1678e+02 3.8526e+02 ; - - CA C OXT 1.2311e+02 5.6928e+02 ; - - CA C O 1.1220e+02 5.8442e+02 ; - - CA CB CG 1.1063e+02 5.2894e+02 ; - - CA CB HB1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CA CB HB2 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - C CA CB 1.1053e+02 5.3379e+02 ; - - C CA HA 1.0766e+02 3.9857e+02 ; - - C O H29 1.0737e+02 4.2836e+02 ; - - CB CA HA 1.1007e+02 3.8794e+02 ; - - CB CG CD1 1.1063e+02 5.2894e+02 ; - - CB CG CD2 1.1063e+02 5.2894e+02 ; - - CB CG HG 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CB HB1 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CB HB2 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CD1 HD11 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CD1 HD12 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CD1 HD13 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CD2 HD21 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CD2 HD22 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CG CD2 HD23 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CD1 CG CD2 1.1063e+02 5.2894e+02 ; - - CD1 CG HG 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - CD2 CG HG 1.1005e+02 3.8802e+02 ; - - OXT C O 1.2288e+02 6.4752e+02 ; - - HB1 CB HB2 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - HD11 CD1 HD12 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - HD11 CD1 HD13 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - HD12 CD1 HD13 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - HD21 CD2 HD22 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - HD21 CD2 HD23 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - HD22 CD2 HD23 1.0835e+02 3.2995e+02 ; - - [ dihedrals ] ; propers ; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9 ; i j k l phase kd pn -C N CA C 0.00 3.34720 1 ; - - - -C N CA C 180.00 3.55640 2 ; - - - -C N CA CB 0.00 2.21752 1 ; - - - -C N CA CB 180.00 0.62760 3 ; - - - -C N CA CB 180.00 2.09200 4 ; - - - -C N CA HA 0.00 0.00000 0 ; - - - N CA C OXT 180.00 0.00000 2 ; - - - N CA C O 180.00 0.00000 2 ; - - - N CA CB CG 0.00 0.65084 3 ; - - - N CA CB HB1 0.00 0.65084 3 ; - - - N CA CB HB2 0.00 0.65084 3 ; - - - H N CA C 0.00 0.00000 0 ; - - - H N CA CB 0.00 0.00000 0 ; - - - H N CA HA 0.00 0.00000 0 ; - - - CA C O H29 180.00 9.62320 2 ; - - - CA CB CG CD1 0.00 0.75312 3 ; - - - CA CB CG CD1 180.00 0.83680 1 ; - - - CA CB CG CD1 180.00 1.04600 2 ; - - - CA CB CG CD2 0.00 0.75312 3 ; - - - CA CB CG CD2 180.00 0.83680 1 ; - - - CA CB CG CD2 180.00 1.04600 2 ; - - - CA CB CG HG 0.00 0.66944 3 ; - - - C CA CB CG 0.00 0.65084 3 ; - - - C CA CB HB1 0.00 0.65084 3 ; - - - C CA CB HB2 0.00 0.65084 3 ; - - - CB CA C OXT 180.00 0.00000 2 ; - - - CB CA C O 180.00 0.00000 2 ; - - - CB CG CD1 HD11 0.00 0.66944 3 ; - - - CB CG CD1 HD12 0.00 0.66944 3 ; - - - CB CG CD1 HD13 0.00 0.66944 3 ; - - - CB CG CD2 HD21 0.00 0.66944 3 ; - - - CB CG CD2 HD22 0.00 0.66944 3 ; - - - CB CG CD2 HD23 0.00 0.66944 3 ; - - - CG CB CA HA 0.00 0.65084 3 ; - - - CD1 CG CB HB1 0.00 0.66944 3 ; - - - CD1 CG CB HB2 0.00 0.66944 3 ; - - - CD1 CG CD2 HD21 0.00 0.66944 3 ; - - - CD1 CG CD2 HD22 0.00 0.66944 3 ; - - - CD1 CG CD2 HD23 0.00 0.66944 3 ; - - - CD2 CG CB HB1 0.00 0.66944 3 ; - - - CD2 CG CB HB2 0.00 0.66944 3 ; - - - CD2 CG CD1 HD11 0.00 0.66944 3 ; - - - CD2 CG CD1 HD12 0.00 0.66944 3 ; - - - CD2 CG CD1 HD13 0.00 0.66944 3 ; - - - OXT C CA HA 0.00 3.34720 1 ; - - - OXT C CA HA 180.00 0.33472 3 ; - - - OXT C O H29 0.00 7.94960 1 ; - - - OXT C O H29 180.00 9.62320 2 ; - - - HA CA C O 180.00 0.00000 2 ; - - - HA CA CB HB1 0.00 0.65084 3 ; - - - HA CA CB HB2 0.00 0.65084 3 ; - - - HB1 CB CG HG 0.00 0.62760 3 ; - - - HB2 CB CG HG 0.00 0.62760 3 ; - - - HG CG CD1 HD11 0.00 0.62760 3 ; - - - HG CG CD1 HD12 0.00 0.62760 3 ; - - - HG CG CD1 HD13 0.00 0.62760 3 ; - - - HG CG CD2 HD21 0.00 0.62760 3 ; - - - HG CG CD2 HD22 0.00 0.62760 3 ; - - - HG CG CD2 HD23 0.00 0.62760 3 ; - - - [ impropers ] ; ; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function ; i j k l phase kd pn -C CA N H 180.00 4.60240 2 ; - - - CA OXT C O 180.00 4.60240 2 ; - - -