神探玺洛克的厨房


如果有天堂,一定是一半厨房,一半书房,然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock


SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

解单晶

干货:如何获取高质量的晶体数据以及结构解析步骤

Vasp DFT加U

基本概念 DFT(LDA和GGA)对于一般体系的计算结果是令人满意的,尤其是能带结构的计算,这些一般体系主要是金属体系或者是只包含前三周期元素的体系。但是,对于包含d电子或者f电子的体系,特别是过渡金属氧化物或者氮化物,DFT直接计算的结果往往是错误的,所以在金属/绝缘体的判定上常常出错。LDA和GGA往往会低估一些绝缘体或者半导体的带隙,甚至最高占据轨道(VBM或者HOMO)在Fermi面...

Vasp 能带与DOS

基本概念 能带 形成分子时,原子轨道形成分子轨道(具有分立能级的)。晶体由大量原子有序堆积而成,故形成的分子轨道数量极大,以至于所形成的能级可视为准连续的,称为能带。 DOS 在电子能级为准连续分布的情况下,单位能量间隔内的电子态数目。即能量介于E~E+△E之间的量子态数目△Z与能量差△E之比,即为态密度。 说明: 能带对y轴投影得到DOS; 原则上讲,态密度可以作为能带结构的...

Knowledge 硅烷偶联剂修饰羟基化表面

修饰 有水条件 无水条件 气相 参考资料 二氧化硅表面修饰硅烷偶联剂APTS的过程和机制

Knowledge 金属晶体堆积模型

分类 堆叠方式 堆积模型 代表晶体 空间利用率 配位数 非密置层平行 简单立方 Po 52% 6 非密置层插空 钾型 Na K Fe 68% ...

gmx 脂质模拟 Martini

参考资料: Martini实例教程:脂质 Martini脂质拓扑 [综合交流] 一个新的基于GROMOS力场的磷脂力场G54A8_v1 生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem

gmx GLYLCAM力场 多糖模拟

参考资料: GROMACS多糖模拟简单示例 碳水化合物的MD模拟:GMX程序GLYCAM力场

xtb 安装及使用

安装-linux 从https://github.com/grimme-lab/xtb/releases上下载”.tar.xz”格式文件并解压到xtb文件夹中得到bin、lib64等文件夹. tar -xvf xxx.tar.xz解压文件 添加环境变量(见下,其中N是并行计算时使用的CPU核心数,不要超过CPU的物理核心数,sob老师测试过说12核时最优), export ...

多孔材料分析 zeo++ & porE

zero++ 指令 查看帮助 ./network 关键孔径 ./network -ha -res EDI.cssr 得到: EDI.res 4.89082 3.03868 4.81969 孔道维度分析 ./network -chan probe_radius input_structure.cssr ./network -ha -chan 1.5 EDI.cssr 得到:...

LAMMPS MS生成lmp输入文件 msi2lmp

使用说明 指定力场 MS中对建好的*.cif模型文件指定力场。Modulus => Discover => Setup => Select => cvff(新版本在forcite模块中指定为cvff力场,注意不要执行run,直接关闭。); 然后把Typing中,List all forcefield types前面的勾选去掉; 最后点选,Calculat...