神探玺洛克的厨房


如果有天堂,一定是一半厨房,一半书房,然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock


SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

LAMMPS polymatic

Polymatic 的安装 polymatic基于perl语言,因为Linux自带perl语言,所以直接从网站上下载下来就能用。需要注意的是要加上Polymatic.pm的路径,通过polym.pl等文件里的use lib指令: use lib '/path/to/polymatic/module'; 改为 use lib '/THFS/home/huse_fx/Desktop/pol...

gmx xpm图片处理

XPM文件的基本结构 /* XPM */ static char * <pixmap_name>[] = { <Values> <Colors> <Pixels> <Extensions> }; 其中Values部分相当于图像文件的文件头,它由 <width> <height> <numcolors...

MS 纳米颗粒模拟

注意事项 使用COMPASS力场模拟金属纳米颗粒时Nanoparticles,要注意: 不要使用默认指定力场的方式,选中Nanoparticle中的原子指定好力场,因为默认指定的力场未必可行; 如果没有使用默认指定力场,则其他分子计算也不会自动指定力场,故也需要对其他分子指定力场(可使用自动指定的方式); 一定要先对单个分子进行优化,要不后面直接做的话Nanoparticle会...

gmx 离子液体

离子液体 模拟离子液体时首先遇到的问题就是离子液体的力场. 文献中用的比较多的是CP&L力场, 基于OPLS-AA发展的, 与OPLS-AA兼容. 这个力场包含了多类离子液体的参数, 就是使用起来不太方便 GAFF也可以,但是不能有硼(参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689) 参考资料 离子液体CP&L力场参数-jerkwin ...

书札 《李光耀观天下》

新加坡的法官解释法律时会说:“根据在已被广泛接受的判例的基础上确定的文件诠释规则,我向你进行如下解释。”……中国人还没有接受这一观点,也还没有接受签署协议是不可更改的观念。在他们看来,签署一份协议只是长期友谊的开始。作为朋友,你们必须不时地商量,你们之中谁是否多挣了钱,谁是否需要掏出更多的钱。 他们将允许选举,但必须在他们同意的候选人中选择,这就是党内民主。 习是一个心胸宽广的...

gmx 电场

电场 恒定电场 对于最基础的长方体模拟盒子,在某一个方向上(x或y或z)施加一个恒定强度的电场,只需要在mdp文件中添加下面一行: E-z = 1 1.8 0 其中E-z表示在z方向上加电场;等号右边第一个数是余弦的数目,因为只实现了单个余弦项(频率为0),因此为1,不能写成1.0;第二个数为电场大小和方向,单位为V/nm,正数表示从z=0到z=max,负数则相反。 余弦电场 ...

gmx RDF及配位数的计算

为什么MD中用gromacs的gmx rdf命令和vmd算的两个组分之间的配位数不一样 使用GROMACS计算径向分布函数

Diamond使用

Diamond软件使用问题集锦,你想知道的都在这里!

ORCA 安装及入门

官网及手册 ORCA Input Library Orca manual 4.2.1 Dr.Martin Brehm课题组的资料 安装 方法/基组 opt和freq:B3LYP-D3(BJ)/6-31G** 单点:wB97M-V/def2-QZVP或PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVP;对应高斯M06-2X/def2-TZVP 大体系计算 Lu老师...

DFT-D

色散校正 为什么Grimme要提出DFT-D?出发点就是解决老一代泛函计算弱相互作用糟糕的情况。更确切来说,解决的是对色散作用描述糟糕的问题。因此,DFT-D叫做色散校正。但要注意,色散校正,或者解决传统泛函描述色散作用烂的方法绝对不止DFT-D这一种,还有很多其它做法,比如vdW-DF、XDM、TS、LRD、DFT-ulg、dDSC、OBS等等,由于这些方法要么实现复杂、要么会导致计算耗时...