神探玺洛克的厨房


如果有天堂,一定是一半厨房,一半书房,然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock


SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

xtb 安装及使用

安装-linux 从https://github.com/grimme-lab/xtb/releases上下载”.tar.xz”格式文件并解压到xtb文件夹中得到bin、lib64等文件夹. tar -xvf xxx.tar.xz解压文件 添加环境变量(见下,其中N是并行计算时使用的CPU核心数,不要超过CPU的物理核心数,sob老师测试过说12核时最优), export ...

多孔材料分析 zeo++ & porE

zero++ 指令 查看帮助 ./network 关键孔径 ./network -ha -res EDI.cssr 得到: EDI.res 4.89082 3.03868 4.81969 孔道维度分析 ./network -chan probe_radius input_structure.cssr ./network -ha -chan 1.5 EDI.cssr 得到:...

LAMMPS MS生成lmp输入文件 msi2lmp

聚合物的可参见《LAMMPS公开课-聚合物建模和模拟-提取码: qv8y》 使用说明 指定力场 MS中对建好的*.cif模型文件指定力场。Modulus => Discover => Setup => Select => cvff(新版本在forcite模块中指定为cvff力场,注意不要执行run,直接关闭。); 然后把Typing中,List all f...

LAMMPS polymatic

模拟聚合物单体交联的perl脚本, 基于LAMPPS的实现, 没法直接用于GROMACS,Jerkwin老师的《分子模拟周刊:第 18 期》有介绍 Polymatic 的安装 polymatic基于perl语言,因为Linux自带perl语言,所以直接从网站上下载下来就能用。需要注意的是要加上Polymatic.pm的路径,通过polym.pl等文件里的use lib指令: use li...

gmx xpm图片处理

XPM文件的基本结构 /* XPM */ static char * <pixmap_name>[] = { <Values> <Colors> <Pixels> <Extensions> }; 其中Values部分相当于图像文件的文件头,它由 <width> <height> <numcolors...

MS 纳米颗粒模拟

注意事项 使用COMPASS力场模拟金属纳米颗粒时Nanoparticles,要注意: 不要使用默认指定力场的方式,选中Nanoparticle中的原子指定好力场,因为默认指定的力场未必可行; 如果没有使用默认指定力场,则其他分子计算也不会自动指定力场,故也需要对其他分子指定力场(可使用自动指定的方式); 一定要先对单个分子进行优化,要不后面直接做的话Nanoparticle会...

gmx 离子液体

离子液体 模拟离子液体时首先遇到的问题就是离子液体的力场. 文献中用的比较多的是CP&L力场, 基于OPLS-AA发展的, 与OPLS-AA兼容. 这个力场包含了多类离子液体的参数, 就是使用起来不太方便 GAFF也可以,但是不能有硼(参考DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689) 参考资料 离子液体CP&L力场参数-jerkwin ...

书札 《李光耀观天下》

新加坡的法官解释法律时会说:“根据在已被广泛接受的判例的基础上确定的文件诠释规则,我向你进行如下解释。”……中国人还没有接受这一观点,也还没有接受签署协议是不可更改的观念。在他们看来,签署一份协议只是长期友谊的开始。作为朋友,你们必须不时地商量,你们之中谁是否多挣了钱,谁是否需要掏出更多的钱。 他们将允许选举,但必须在他们同意的候选人中选择,这就是党内民主。 习是一个心胸宽广的...

gmx 电场

电场 恒定电场 对于最基础的长方体模拟盒子,在某一个方向上(x或y或z)施加一个恒定强度的电场,只需要在mdp文件中添加下面一行: E-z = 1 1.8 0 其中E-z表示在z方向上加电场;等号右边第一个数是余弦的数目,因为只实现了单个余弦项(频率为0),因此为1,不能写成1.0;第二个数为电场大小和方向,单位为V/nm,正数表示从z=0到z=max,负数则相反。 余弦电场 ...

gmx RDF及配位数的计算

为什么MD中用gromacs的gmx rdf命令和vmd算的两个组分之间的配位数不一样 使用GROMACS计算径向分布函数