神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

CentOS 7 安装

下载地址下载资源:https://www.jianshu.com/p/a63f47e096e8 阿里云站点：http://mirrors.aliyun.com/centos/7/isos/x86_64/ 虚拟机下安装分区除了SWAP分区外，其他分区的文件系统一律选择ext4类型,设备类型默认选LVM。 /boot分区：引导分区，建议分300-500M。避免由于长期使...

Posted by XiLock on September 29, 2020

LAMMPS中约束

刚性约束运动约束力约束通过改变粒子的受力来调整其运动状态： fix addforce, fix aveforce fix addforce命令是在编组中原子当前受力的基础上给每个原子额外添加一个力； fix aveforce命令则是首先对编组中每个原子的受力进行平均处理，然后再给每个原子额外添加一个力，作用结果会使编组内的每个原子受力情况均相同； fix linefo...

Posted by XiLock on September 28, 2020

LAMMPS的input文件

Summary 为了方便取拿，总结了一下LAMMPS的input文件，主要包括以下部分及内容： Initialization ##################### # 1. Initialization # ##################### # Box and units (use LJ units and periodic boundaries) units lj ...

Posted by XiLock on September 28, 2020

Linux下安装/更新openssl

安装过程查看openssl版本 openssl version 下载最新的openssl wget https://www.openssl.org/source/openssl-1.1.1c.tar.gz 解压并编译安装 tar -zxvf openssl-1.1.1c.tar.gz cd openssl-1.1.1c ./config --prefix=/usr/local/...

Posted by XiLock on September 26, 2020

MS DPD模拟

模拟过程 DPD的模拟过程可以参考help里的tutorial。注意事项建立bead的时候可以有两种方式：一种是在Build->Build Mesostructure->Coarse Grain->More->Motion Group里Create；另一种是直接在Build->Build Mesostructure->Beads types里...

Posted by XiLock on September 26, 2020

LAMMPS中wall的应用

周期性 boundary 对于有wall的体系，不能使用全周期性的盒子，必须定义对应的boundary。如固定z方向壁面，则需设定： boundary p p f 其中p为周期性，f为固定壁面，意味着x/y方向为周期性而z方向上有一固定壁面。如果希望壁面移动，则将相应壁面设为s，如： boundary p p s kspace 对于非周期性体系，长程COU的计算也...

Posted by XiLock on September 24, 2020

LAMMPS建模

用VMD转换data文件参见博文《VMD在LAMMPS中的应用》 moltemplate 安装其实不用安装，因为lammps_root/tools里就有，如果需要安装，参见：http://www.moltemplate.org/download.html 使用 Example可参见：http://www.moltemplate.org/visual_examples.html 以“Co...

Posted by XiLock on September 24, 2020

LAMMPS Q&A

问题 Out of range atoms - cannot compute PPPM Out of range atoms 的根本问题在于分子出现了重叠，所以要检查盒子尺寸是否合理，步长是否合理，是不是预平衡没跑好；或者，是不是没加neigh_modify delay 0 every 1 check yes来及时check。参考: 经验之谈，如何解决：Out of range at...

Posted by XiLock on September 16, 2020

LAMMPS units

units lj LJ是约化单位，主要是用于universal的情况。这种方式由用户自行指定基本物理量的基本单位（如epsilon等于多少,sigma等于多少），这些基本物理量的基本单位不是设定在哪里的，而是用户假定的。比如用户假定epsilon为2.5 kJ/mol，这个epsilon不是pair_coeff的epsilon，而是存在于用户脑子里的，给这个系统定义的基本单位，我们可以称z...

Posted by XiLock on September 13, 2020

VMD在LAMMPS中的应用

用VMD转换data文件 convert.tcl package require topotools package require pbctools ## Select atoms and asign info set atomS [atomselect top {name S}] $atomS set mass 80 $atomS set charge -1 $atomS set ra...

Posted by XiLock on September 12, 2020