神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

python 科学计算

Numpy 快速处理数据库 ndarray对象 ufunc函数下标存取 Scipy 数值计算库线性代数 linalg 拟合与优化 optimize 插值 interpolate 数值积分 integrate 统计 stats 稀疏矩阵 sparse, 图像处理 ndimage, 空间算法 spatial Pandas 数据分析库对象 series DataFrame ...

Posted by XiLock on September 1, 2020

slurm&天河二号使用

常用指令任务管理系统使用的是slurm，差别就是把slurm命令中的s替换成yh，得到 yhrun、yhbatch、yhqueue 等一系列命令。查看节点状态：yhi,yhinfo,sinfo 提交命令：yhbatch，具体使用方法参见slurm文件；已用机时：time；查看正在运行的序列：yhq；取消作业： yhcancel job_ID 作业用量查...

Posted by XiLock on August 31, 2020

QM/MM ONION AIMD 簇模型

注：多数资料引用自Sob，为便于学习，整理至此 QM cluster、ONION、QM/MM、QM/MM MD存在一定区别，具体内容可阅读Multiscale modeling of enzymes: QM-cluster, QM/MM, and QM/MM/MD: A tutorial review.这里简单说明一下QM/MM和QM/MM MD的区别: Hybrid QM/MM meth...

Posted by XiLock on August 29, 2020

redhat6.7安装yum和python3及与python2切换

yum安装 redhat6.7下安装yum可参考资料1，rpm的时候提示缺什么再从链接里找来下载rpm上就行。 python3安装保留老的Python版本，尽量不要动老版本的东西，用参考资料2的方式安装。关于参考资料2的连接部分略有差异，可能需要先修改默认连接，即make install后用mv /usr/bin/python /usr/bin/python-2.6.6修改默...

Posted by XiLock on August 26, 2020

gmx Martini力场粗粒化-实操auto_martini

感谢李老师和吴伟学长的指导，搞得几次，实在是太痛苦了使用auto-martini生成小分子/非标准残基拓扑安装注意auto-martini不兼容python 3.x，要在python 2.7下安装编译。从github上下载auto-martini 下载Windows版的anaconda2. 注意, 这里要选择python2.7版本的, 因为auto-martini是用p...

Posted by XiLock on August 25, 2020

gmx Martini力场粗粒化-聚合物的模拟

感谢李老师的指导，本文内容摘录整理自参考资料，以便用时翻阅供参考用mdp文件： From martini官网 From Supernova 工具 pyCGtool 官网：PyCGTOOL 安装（注意：只能在linux下安装，win下simpletraj包的c++编译通不过）需要的包： Python 3； Numpy simpletraj: pip insta...

Posted by XiLock on August 25, 2020

LAMMPS安装

### gcc 如果没有gcc和gfortran的话安装一下 yum install gcc-c++ yum install gcc-gfortran 准备包 fftw-3.3.8.tar.gz：http://www.fftw.org/download.html lammps-stable.tar.gz(解压后为lammps-22Aug18)：https://lammps...

Posted by XiLock on August 25, 2020

VNC server-viewer双屏控制电脑

技术源于嘉桢指导，本文仅作记录以免遗忘使用方法：用路由器绑定台式机的mac地址和IP地址；在台式机上安装vnc server并破解；在笔记本上直接打开vnc viewer，在地址栏输入台式机的IP地址和端口号即可连接上(如：172.24.163.195:2005，172.24.163.195是与路由器LAN端强制绑定的WAN端ip，两ip等价；2005是LAN端端口号...

Posted by XiLock on August 5, 2020

双网卡电脑同时上内外网

感谢嘉桢的技术指导问题描述有时候希望实验室电脑能同时登陆内外网，内网控制实验室服务器，外网与其他计算机远程。同时连接内外网可通过有线和无线来实现，但有时会出现内外网的ip冲突而出现无法连接外网或者无法连接内网的情况，如外网连接不上向日葵等。为了解决这种问题，则需要手动修改一下路由器表。方法查看内外网的ip地址段（网关），如xilock内网服务器（及其路由器）的网关为11.1...

Posted by XiLock on July 31, 2020

gmx MDanalysis氢键分析

gromacs的氢键计算很方便但是因为一些原因xilock需要做更细节的分析，所以用MDanalysis做了一些分析，感谢supernova的技术支持。氢键计算脚本 get_hbonds.py #!/opt/local/bin/python # python 3.6 # python + py_file + tpr_file + trj_file + outfile + start_fr...

Posted by XiLock on July 29, 2020