神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

gmx gromacs文件转换lammps文件

gromacs2lammps： From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM - PDF From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM - GitHub Desmond<=>Gromacs<=>Lammps InterMol: a conve...

Posted by XiLock on July 28, 2020

gmx gromacs并行计算 MPI&OpenMP

单节点运行时，thread-mpi并行比mpirun并行稍快，虽然两者同为rank级别，故： !单机不要用并行版gmx !单机不要用并行版gmx !单机不要用并行版gmx 硬件术语 socket: 等价于CPU芯片个数，独立的中央处理单元，体现在主板上是有多个CPU的槽位； CPU cores: 物理上的概念，每个CPU上的核数，即物理核； processor: 一种逻辑概念...

Posted by XiLock on July 22, 2020

Vasp ABC

输入文件 VASP的输入文件有4个： INCAR：告诉vasp算啥，咋算； POSCAR：模型结构； KPOINTS：K点信息； POTCAR：原子的平面波基组，描述体系中对应的原子核和电子的相关信息。 # ------------ # - 1. INCAR - # ------------ # 写INCAR的时候，不要使用 tab，用空格替换tab； # 官网有些旧的...

Posted by XiLock on July 20, 2020

Vasp 安装

参考资料： VASP的最简单的安装方法正确使用超算中心，5分钟搞定vasp5.4.4编译 vasp.6.1.0 更新介绍/安装/测试

Posted by XiLock on July 20, 2020

Crystal教程

Block1 - geometry input 代码示例 MgO bulk CRYSTAL 0 0 0 225 4.21 2 12 0.0 0.0 0.0 8 0.5 0.5 0.5 注释 MgO bulk : title CRYSTAL : Dimensionality. 对于3D, 2D, 1D and 0D系统分别为CRYSTAL, SLAB, POLY...

Posted by XiLock on July 19, 2020

Crystal安装及测试 UNIX/Linux

前言 Crystal主要包括两个模块：crystal和properties crystal:compute the energy, analytical gradient and wave function for a given geometry, which can also be fully optimized, compute frequencies at Gamma. p...

Posted by XiLock on July 16, 2020

Linux安装及删除软件

简介 Linux软件的安装和卸载一直是困扰许多新用户的难题。在Windows中，我们可以使用软件自带的安装卸载程序或在控制面板中的“添加/删除程序”来实现。与其相类似，在Linux下有一个功能强大的软件安装卸载工具，名为RPM。它可以用来建立、安装、查询、更新、卸载软件。该工具是在命令行下使用的。在Shell的提示符后输入rpm，就可获得该命令的帮助信息。软件的安装 Linux下软件的安...

Posted by XiLock on July 14, 2020

Vasp raman

vasp没有自带的模块计算raman谱，如果想用vasp计算拉曼谱则可以通过脚本： Phonopy-Spectroscopy（https://github.com/JMSkelton/Phonopy-Spectroscopy）+Phonopy+Phono3py: 一个Python包能和各种第一性原理计算程序连用 vasp_raman.py: https://github.com/r...

Posted by XiLock on June 23, 2020

Vasp 磁性计算

顺磁：材料对磁场响应很弱的磁性铁磁：电子间的交换作用在整个晶格内形成一个分子场，原子磁矩在分子场作用下朝着同一个方向，磁矩平行排列。反铁磁：晶格内原子有两种占位，那就会形成两个分子场，两个分子场方向相反，就会使不同占位的原子磁矩反平行排列，磁矩相互抵消。亚铁磁：亚铁磁与反铁磁原理一样，就是磁矩未完全抵消。顺磁顺磁，意味进行non-spin polarized...

Posted by XiLock on June 22, 2020

Gaussian与VASP的区别

参考资料：链接简单来说，周期性的体系且格子比较小，这种情况适合平面波方法做，非周期性的情况就得用大的格子来模拟（甚至还得动用一些其他的修正），平面波当然能做，但效率就很低了。具体讲，理论层面上没有太度不同，确实都是基于薛定谔方程近似（Kohn-Sham或Hartree-Fock或者post-Hartree-Fock）求解。根本的区别还是对体系态做展开时选取的基函数不同，VASP采用...

Posted by XiLock on June 17, 2020