神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

LAMMPS Q&A

问题 Out of range atoms - cannot compute PPPM Out of range atoms 的根本问题在于分子出现了重叠，所以要检查盒子尺寸是否合理，步长是否合理，是不是预平衡没跑好；或者，是不是没加neigh_modify delay 0 every 1 check yes来及时check。参考: 经验之谈，如何解决：Out of range at...

Posted by XiLock on September 16, 2020

LAMMPS units

units lj LJ是约化单位，主要是用于universal的情况。这种方式由用户自行指定基本物理量的基本单位（如epsilon等于多少,sigma等于多少），这些基本物理量的基本单位不是设定在哪里的，而是用户假定的。比如用户假定epsilon为2.5 kJ/mol，这个epsilon不是pair_coeff的epsilon，而是存在于用户脑子里的，给这个系统定义的基本单位，我们可以称z...

Posted by XiLock on September 13, 2020

VMD在LAMMPS中的应用

用VMD转换data文件 convert.tcl package require topotools package require pbctools ## Select atoms and asign info set atomS [atomselect top {name S}] $atomS set mass 80 $atomS set charge -1 $atomS set ra...

Posted by XiLock on September 12, 2020

python 科学计算

Numpy 快速处理数据库 ndarray对象 ufunc函数下标存取 Scipy 数值计算库线性代数 linalg 拟合与优化 optimize 插值 interpolate 数值积分 integrate 统计 stats 稀疏矩阵 sparse, 图像处理 ndimage, 空间算法 spatial Pandas 数据分析库对象 series DataFrame ...

Posted by XiLock on September 1, 2020

slurm&天河二号使用

常用指令任务管理系统使用的是slurm，差别就是把slurm命令中的s替换成yh，得到 yhrun、yhbatch、yhqueue 等一系列命令。查看节点状态：yhi,yhinfo,sinfo 提交命令：yhbatch，具体使用方法参见slurm文件；已用机时：time；查看正在运行的序列：yhq；取消作业： yhcancel job_ID 作业用量查...

Posted by XiLock on August 31, 2020

QM/MM ONION AIMD 簇模型

注：多数资料引用自Sob，为便于学习，整理至此 QM cluster、ONION、QM/MM、QM/MM MD存在一定区别，具体内容可阅读Multiscale modeling of enzymes: QM-cluster, QM/MM, and QM/MM/MD: A tutorial review.这里简单说明一下QM/MM和QM/MM MD的区别: Hybrid QM/MM meth...

Posted by XiLock on August 29, 2020

redhat6.7安装yum和python3及与python2切换

yum安装 redhat6.7下安装yum可参考资料1，rpm的时候提示缺什么再从链接里找来下载rpm上就行。 python3安装保留老的Python版本，尽量不要动老版本的东西，用参考资料2的方式安装。关于参考资料2的连接部分略有差异，可能需要先修改默认连接，即make install后用mv /usr/bin/python /usr/bin/python-2.6.6修改默...

Posted by XiLock on August 26, 2020

gmx Martini力场粗粒化-实操auto_martini

感谢李老师和吴伟学长的指导，搞得几次，实在是太痛苦了使用auto-martini生成小分子/非标准残基拓扑安装注意auto-martini不兼容python 3.x，要在python 2.7下安装编译。从github上下载auto-martini 下载Windows版的anaconda2. 注意, 这里要选择python2.7版本的, 因为auto-martini是用p...

Posted by XiLock on August 25, 2020

gmx Martini力场粗粒化-聚合物的模拟

感谢李老师的指导，本文内容摘录整理自参考资料，以便用时翻阅供参考用mdp文件： From martini官网 From Supernova 工具 pyCGtool 官网：PyCGTOOL 安装（注意：只能在linux下安装，win下simpletraj包的c++编译通不过）需要的包： Python 3； Numpy simpletraj: pip insta...

Posted by XiLock on August 25, 2020

LAMMPS安装

Win版 CPU版打开官网链接，根据自己的需求选择相应的可执行文件，比如，是否支持 MPI 并行、是否需要调用 Python 等。这里选择 LAMMPS-64bit-Python-2Aug2023-MSMPI.exe 并行版以满足上述两种需求 (因为文件名字中含 Python 和 MSMPI) 。另外，还需要安装 msmpisetup.exe 来支持 MPI 并行 (下载链接)。需要...

Posted by XiLock on August 25, 2020