神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

VNC server-viewer双屏控制电脑

技术源于嘉桢指导，本文仅作记录以免遗忘使用方法：用路由器绑定台式机的mac地址和IP地址；在台式机上安装vnc server并破解；在笔记本上直接打开vnc viewer，在地址栏输入台式机的IP地址和端口号即可连接上(如：172.24.163.195:2005，172.24.163.195是与路由器LAN端强制绑定的WAN端ip，两ip等价；2005是LAN端端口号...

Posted by XiLock on August 5, 2020

双网卡电脑同时上内外网

感谢嘉桢的技术指导问题描述有时候希望实验室电脑能同时登陆内外网，内网控制实验室服务器，外网与其他计算机远程。同时连接内外网可通过有线和无线来实现，但有时会出现内外网的ip冲突而出现无法连接外网或者无法连接内网的情况，如外网连接不上向日葵等。为了解决这种问题，则需要手动修改一下路由器表。方法查看内外网的ip地址段（网关），如xilock内网服务器（及其路由器）的网关为11.1...

Posted by XiLock on July 31, 2020

gmx MDanalysis氢键分析

gromacs的氢键计算很方便但是因为一些原因xilock需要做更细节的分析，所以用MDanalysis做了一些分析，感谢supernova的技术支持。氢键计算脚本 get_hbonds.py #!/opt/local/bin/python # python 3.6 # python + py_file + tpr_file + trj_file + outfile + start_fr...

Posted by XiLock on July 29, 2020

gmx gromacs文件转换lammps文件

gromacs2lammps： From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM - PDF From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM - GitHub Desmond<=>Gromacs<=>Lammps InterMol: a conve...

Posted by XiLock on July 28, 2020

gmx gromacs并行计算 MPI&OpenMP

单节点运行时，thread-mpi并行比mpirun并行稍快，虽然两者同为rank级别，故： !单机不要用并行版gmx !单机不要用并行版gmx !单机不要用并行版gmx 硬件术语 socket: 等价于CPU芯片个数，独立的中央处理单元，体现在主板上是有多个CPU的槽位； CPU cores: 物理上的概念，每个CPU上的核数，即物理核； processor: 一种逻辑概念...

Posted by XiLock on July 22, 2020

Vasp ABC

输入文件 VASP的输入文件有4个： INCAR：告诉vasp算啥，咋算； POSCAR：模型结构； KPOINTS：K点信息； POTCAR：原子的平面波基组，描述体系中对应的原子核和电子的相关信息。 # ------------ # - 1. INCAR - # ------------ # 写INCAR的时候，不要使用 tab，用空格替换tab； # 官网有些旧的...

Posted by XiLock on July 20, 2020

Vasp 安装

参考资料： VASP的最简单的安装方法正确使用超算中心，5分钟搞定vasp5.4.4编译 vasp.6.1.0 更新介绍/安装/测试

Posted by XiLock on July 20, 2020

Crystal教程

Block1 - geometry input 代码示例 MgO bulk CRYSTAL 0 0 0 225 4.21 2 12 0.0 0.0 0.0 8 0.5 0.5 0.5 注释 MgO bulk : title CRYSTAL : Dimensionality. 对于3D, 2D, 1D and 0D系统分别为CRYSTAL, SLAB, POLY...

Posted by XiLock on July 19, 2020

Crystal安装及测试 UNIX/Linux

前言 Crystal主要包括两个模块：crystal和properties crystal:compute the energy, analytical gradient and wave function for a given geometry, which can also be fully optimized, compute frequencies at Gamma. p...

Posted by XiLock on July 16, 2020

Linux安装及删除软件

简介 Linux软件的安装和卸载一直是困扰许多新用户的难题。在Windows中，我们可以使用软件自带的安装卸载程序或在控制面板中的“添加/删除程序”来实现。与其相类似，在Linux下有一个功能强大的软件安装卸载工具，名为RPM。它可以用来建立、安装、查询、更新、卸载软件。该工具是在命令行下使用的。在Shell的提示符后输入rpm，就可获得该命令的帮助信息。软件的安装 Linux下软件的安...

Posted by XiLock on July 14, 2020