神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

Vasp raman

vasp没有自带的模块计算raman谱，如果想用vasp计算拉曼谱则可以通过脚本： Phonopy-Spectroscopy（https://github.com/JMSkelton/Phonopy-Spectroscopy）+Phonopy+Phono3py: 一个Python包能和各种第一性原理计算程序连用 vasp_raman.py: https://github.com/r...

Posted by XiLock on June 23, 2020

Vasp 磁性计算

顺磁：材料对磁场响应很弱的磁性铁磁：电子间的交换作用在整个晶格内形成一个分子场，原子磁矩在分子场作用下朝着同一个方向，磁矩平行排列。反铁磁：晶格内原子有两种占位，那就会形成两个分子场，两个分子场方向相反，就会使不同占位的原子磁矩反平行排列，磁矩相互抵消。亚铁磁：亚铁磁与反铁磁原理一样，就是磁矩未完全抵消。顺磁顺磁，意味进行non-spin polarized...

Posted by XiLock on June 22, 2020

Gaussian与VASP的区别

参考资料：链接简单来说，周期性的体系且格子比较小，这种情况适合平面波方法做，非周期性的情况就得用大的格子来模拟（甚至还得动用一些其他的修正），平面波当然能做，但效率就很低了。具体讲，理论层面上没有太度不同，确实都是基于薛定谔方程近似（Kohn-Sham或Hartree-Fock或者post-Hartree-Fock）求解。根本的区别还是对体系态做展开时选取的基函数不同，VASP采用...

Posted by XiLock on June 17, 2020

Gaussian 溶解自由能·溶解度

隐式模型下溶解自由能及溶剂下自由能计算 \[溶剂下的自由能=溶解自由能+气相的自由能\] 用M052X/6-31G* scrf=(smd,solvent=dichloromethane)的单点能减去M052X/6-31G*的单点能，得到溶解自由能，加到热力学组合方法算的气相自由能上，得到溶剂下的自由能。更精确的做法为：恰当的级别诸如B3LYP/6-311G**优化，并且做振...

Posted by XiLock on June 15, 2020

机顶盒刷机·电视投屏

出于某些需要吧，最近搞了一下机顶盒的刷机和电视的投屏，xilock一般比较喜欢原装系统，稳定，所以一般还能够电视投屏解决问题还是不刷机。投屏现有主流的投屏方式主要有三种：DLNA、Miracast和Airplay(参考)。后两者是镜像，手机上显示啥电视上显示啥；DLNA则类似递送，传输给电视以后你手机该干啥干啥不影响电视显示。爱奇艺、腾讯、bilibili等都支持DLNA。推荐几款...

Posted by XiLock on June 1, 2020

gmx 以指定行数分割数据

在有多个相同分子时，得到的数据并不会将不同分子的同一残基数据归纳到一起以便分析，而是在输出一个分子的数据后，以相同序号再输出第二个分子的数据，如先对分子1输出其残基1-10的某参数，然后对具有相同结构的分子2又重新从1-10开始输出，而不是直接将分子2的数据置于分子1后面。下面代码可解决上述问题： Coding # coding: UTF-8 # multi-chain brushes, ...

Posted by XiLock on May 15, 2020

gmx Anaconda及MDAnalysis安装

前言之前在win系统下用pip安装MDAnalysis一直没有成功，问了下好像很多人都没成功，经supernova推荐，又看了下官网，决定改用conda安装，为了方便就用anaconda了。 Anaconda的安装 ~~关于Anaconda，安装可参考下面两篇资料，简单概括一下：根据系统和所想支持的python的版本，从Anaconda官网下载安装包；（xilock用的许多脚本...

Posted by XiLock on May 14, 2020

gmx 多链brush的rmsf计算

因为在计算多链brush的rmsf时发现gmx自带的tools里计算得到的rmsf没有根据残基号进行归类，所以写了个小脚本处理一下：更新20200512 使用范例： python data_sep.py pep1.xvg 然后输入每个brush所含的残基总数即可得到每个残基rmsf的平均值和standard deviation. 代码如下： File name: data_sep.p...

Posted by XiLock on May 11, 2020

python 基于python的图像轮廓识别及轮廓表面积计算

环境 python 2.7 cv2 (opencv-3.1.0.exe，因为测试环境为python 2.7 32bt，所以太新的版本不支持，但太久的版本语法又存在差异，如cv2.findContours参数。安装时在解压后将OpenCV目录下的 \build\python2.7\x64文件下的cv2.pyd拷贝到 Python目录下的\Lib\site-packages文件夹里即可...

Posted by XiLock on May 11, 2020

Shell 脚本等待上一行执行完成再执行下一行的方法

有时候想要先后执行几个命令，并希望前一个命令执行完再执行下一个命令。但有时候后一命令会不等前一命令执行完就开始。 tiwoo提供了一个tricky可以解决这个问题：例如：假设现有3个命令，命令1执行瞬间完成而命令2耗时较长，希望等命令2执行完再执行命令3. Shell 默认提供了获取命令执行输出的方法，即用 ` 号将需要获取输出的操作括起来，并赋值给一个变量，则 Shell 会在等待命令...

Posted by XiLock on May 11, 2020