神探玺洛克的厨房


如果有天堂,一定是一半厨房,一半书房,然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock


SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

gmx Martini力场粗粒化-蛋白模拟

感谢李老师、Supernova和吴伟学长的指导,本文内容摘录整理自参考资料,以便用时翻阅 参考资料: MARTINI粗粒化力场简明教程 吴伟:auto-martini的安装和使用简介 Martini实例教程:蛋白质 Martini实例教程:新分子的参数化 供参考用mdp文件: From martini官网 From Supernova 流程简述 对pdb...

gmx 分子间相互作用分析

为方便学习、使用,将资料整理至此,感谢sob老师的指导 相互作用能分析 参考资料: 使用GROMACS计算分子间相互作用 提取 GMX 轨迹中两个 group 之间的静电和范德华相互作用 《平均力势—-以石墨烯-甘氨酸体系为例》附录部分 步骤: 分别提取分子A、分子B和分子A-B的xtc轨迹及gro文件; 利用gro文件生成分子A、分子B和分子A-B的tpr文...

服务器使用过程中遇到的问题

发现自己总忘,就整理了一下贴在这里了

天大曙光Linux Redhat 7 ECC error 常见ECC错误: step 9782000, will finish Fri May 15 05:58:54 2020vol 0.59 imb F 7% pme/F 1.58 Message from syslogd@node8 at May 13 18:01:09 ... kernel:[Hardware Error]:...

gmx Replica-Exchange Molecular Dynamics (REMD)GROMACS副本交换分子动力学

具体步骤见参考:Tutorial 注意:With all versions of GROMACS prior to 4.0, only one processor per replica is allowed. REMD with any version of GROMACS requires mdrun compiled with MPI (i.e. not threading), an...

gmx 虚拟退火simulated annealling

关于退火 ref-t是参考温度,热浴是指控温的算法,退火模拟不需要设置ref-t但需要设置热浴。应当溶剂和蛋白分别控温,否则容易造成热溶剂冷溶质现象,达不到想要的目的。 tcoupl = v-rescale ; tc-grps = Protein Non-Protein ; tau_t = 0.1 0.1 ; ;re...

Gaussian 计算偶极矩

参考阅读: 激发态偶极矩计算 gauissian 计算得到的两个dipole gaussian做完单点能计算后会得到偶极矩,会有两个: 靠前输出的为标准朝向下的偶极矩,单位为Deybe。(field-independent是指外场为0时的偶极矩,即永久偶极矩) Dipole moment (field-independent basis, Debye): X= ...

aspen 8.0 12.0 Install

申明:本教程和涉及到的软件只做学习交流使用, 请24小时内删除或购买正版。 Sentinel.RMS.8.5.1.Server 安装install_Sentinel.RMS.8.5.1.Server,一路next即可; 创建一个新的“系统变量”(不是用户变量),变量名为“计算机名”,变量值为aspenv10.slf的文件路径,如“D:\license\aspen.slf”; ...

2020-每周补脑4th

软件 Sisulizer:在中国主要应用在对外国软件的汉化,或者对中文软件出口的翻译本地化。 他山之石 李鸿章语录 人以利聚,“非名利,无以鼓舞俊杰”。 能受苦乃为志士,肯吃亏不是痴人。 受尽天下百官气,养就胸中一段春。 天下熙熙攘攘,皆为利耳。我无利于人,谁肯助我? 处数千年未有之奇局,自应建数千年未有之奇业。 身怀利器,杀心自起,慎而重之。 人生遭遇本有一定...

2020-每周补脑3rd

他山之石 语录 Wisdom is knowing what to do next, skill is knowing how to do it, and virtue is doing it. 智慧是知道下一步做什么,技能是知道如何做,而美德就是去做。 杂记 尽职调查(审慎调查):在收购过程中收购者对目标公司的资产和负债情况、经营情况和财务情况、法律关系以及目标企业所面临的机会与...

aspen 塔

塔 设计中考虑每块塔板有0.5 psi(或更小,1 psi=6.89 kPa)的压降更符合实际情况。 再沸器、分凝器各算作一个平衡级;全凝器不算平衡级,但在Aspen中被视为一个平衡级。 离开某块塔板的汽液相是呈热力学平衡的,但与下降进入该塔板的液相、上升入该塔板的汽相是不平衡的。 引入板效率因子是为了表征实际塔板上不可能达到完全的汽液平衡。 由经典热力学可知,精馏无法...