神探玺洛克的厨房


如果有天堂,一定是一半厨房,一半书房,然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock


SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

组网+openssh实现以实验室win电脑为跳板控制内网服务器

参考资料: 如何设置双网卡电脑同时上内外网 Windows安装OpenSSH服务 设置 SSH 通过密钥登录 背景说明 为了安全起见,服务器只被允许连接局域网; 实验室台式机通过无线连接局域网进而控制服务器,同时可以通过有线连接外网; 目的:通过个人笔记本,向实验室台机传输命令,进而控制服务器; 实现方案 通过蒲公英将个人笔记本与实验室台机组网; ...

Gaussian 拉曼光谱计算

声明:本文内容整理自参考阅读资料,仅为方便日后翻阅 参考阅读: 使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图 浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组 谈谈量子化学中基组的选择 谈谈弥散函数和“月份”基组 Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法 由能量导数获得的属性一览 谈谈谐振频率校正因子 ...

Gaussian 收敛

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法 gausian–帮助几何优化收敛的常用方法 and IOP 解决SCF不收敛问题的方法—XQC关键词的重要性 Vibrational Analysis in Gaussian Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法

gmx Martini力场粗粒化-概述及蛋白模拟

Martinize2/Vermouth 202511200更新:martinize.py开发者重写了程序,现为Martinize2/Vermouth,可见其官网Topology/Structure Generation Win系统anaconda环境安装 详细流程参见:Readme 要求python 3.9以上 pip install vermouth 此时已将Marti...

gmx Martini力场粗粒化-DNA/RNA模拟

Martini 3 官网 截止20251122还只有DNA/RNA的5种碱基小分子的力场,没有完整的DNA/RNA力场,仍在开发中,所以更没有粗粒化转化用的东西,等吧(Note: An optimized version of the Martini 3 parameters for nucleic acids is currently under development. Pl...

gmx 分子间相互作用分析

为方便学习、使用,将资料整理至此,感谢sob老师的指导 相互作用能分析 参考资料: Studying Noncovalent Interactions in Molecular Systems with Machine Learning 使用GROMACS计算分子间相互作用 提取 GMX 轨迹中两个 group 之间的静电和范德华相互作用 《平均力势—-以石墨烯-甘氨酸...

服务器使用过程中遇到的问题

发现自己总忘,就整理了一下贴在这里了

天大曙光Linux Redhat 7 ECC error 常见ECC错误: step 9782000, will finish Fri May 15 05:58:54 2020vol 0.59 imb F 7% pme/F 1.58 Message from syslogd@node8 at May 13 18:01:09 ... kernel:[Hardware Error]:...

gmx Replica-Exchange Molecular Dynamics (REMD)GROMACS副本交换分子动力学

具体步骤见参考:Tutorial 注意:With all versions of GROMACS prior to 4.0, only one processor per replica is allowed. REMD with any version of GROMACS requires mdrun compiled with MPI (i.e. not threading), an...

gmx 虚拟退火simulated annealling

关于退火 ref-t是参考温度,热浴是指控温的算法,退火模拟不需要设置ref-t但需要设置热浴。应当溶剂和蛋白分别控温,否则容易造成热溶剂冷溶质现象,达不到想要的目的。 tcoupl = v-rescale ; tc-grps = Protein Non-Protein ; tau_t = 0.1 0.1 ; ;re...

Gaussian 计算偶极矩

参考阅读: 激发态偶极矩计算 gauissian 计算得到的两个dipole gaussian做完单点能计算后会得到偶极矩,会有两个: 靠前输出的为标准朝向下的偶极矩,单位为Deybe。(field-independent是指外场为0时的偶极矩,即永久偶极矩) Dipole moment (field-independent basis, Debye): X= ...