神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

Gromacs问题 Q&A

Google找不到可以在这个mail box里找一下，里面有很多相关的提问和回答：mail-archive 遇到过的问题 … no domain decomposition for 20 ranks… Fatal error: There is no domain decomposition for 20 ranks that is compatible with the given bo...

Posted by XiLock on February 10, 2019

gmx Gromacs带上下wall的xy周期

带上、下壁面的xy周期体系在mdp中将周期部分修改为： pbc = xy ; 2-D PBC nwall = 2 wall-atomtype = CG321 CG321 wall-type = 9-3 wall-density = 4.6 4.6 wall-ewald-zfac = 3 wall-r-linpot = 0.01 ewald-geometry =...

Posted by XiLock on February 10, 2019

gmx Gromacs坐标固定

坐标约束坐标的restrain、freeze和constraint （参考自sobereva）gromacs有三种限制坐标的方式：限制（restrain）、冻结（freeze）、约束(constraint)。冻结和约束是完全去掉体系某些自由度，而限制则只是让某些自由度的运动受限。限制（restrain）：一般是用谐振势将某些原子间距离、分子中某些内坐标、或者某些原子的笛卡尔坐标系...

Posted by XiLock on February 10, 2019

gmx Gromacs小技巧

备注关于限制一般能量极小化的时候用-DFLEXIBLE使用柔性水，第一次动力学模拟时用-DPOSRES让蛋白质位置限制住，等水已经弛豫了，再去掉蛋白质的限制做动力学。只要动力学用2fs步长，都应当用constraint=hbonds 关于技巧续算一、意外中断的任务md1 gmx mdrun -v -deffnm md1 -cpi md1.cpt 二、md1已跑完，延续之前的模...

Posted by XiLock on February 10, 2019

化工人吃元宵的正确姿势

扫描文末二维码，关注这个学化工的厨子。每周六下午六点，公众号内定时发布欢迎将文章分享到朋友圈文/神探玺洛克一眨眼过完年已经十几天了，下周就是“元宵节”！！！古人称”夜”为“宵”，而正月又是农历的元月，所以人们把正月十五这第一个月圆之夜称为元宵节。据传，西汉时人们就开始过元宵节，汉武帝正月上辛夜在甘泉宫祭祀“太一”的活动。在汉魏之后，正月十五元宵节渐渐成为一个民俗节日。正月...

Posted by XiLock on February 9, 2019

不再联系，曾并肩的兄弟

扫描文末二维码，关注这个学化工的厨子。每周六下午六点，公众号内定时发布欢迎将文章分享到朋友圈文/神探玺洛克己亥年正月初二食鸡思雁作兄弟及冠落四方，纵使逢年不得觞。寝眠寐返同欢悦，斜枕失梦复寒凉。梅花夜开属五瓣，冬雪未曾一叉藏。才思脊令相并影，又念鸿雁成数行。 ——《一个学化工的厨子爱上推理》他错过了唯一一次看他拿出戒指向新娘求婚的机会，错过了唯一一次给他当伴郎的机会，...

Posted by XiLock on February 9, 2019

PBS排队系统&NSCC

PBS脚本文件 PBS脚本文件由脚本选项和运行脚本两部分组成。 PBS作业脚本选项（若无-C选项，则每项前面加‘#PBS’） -a date_time ： date_time格式为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS] 表示经过date_time时间后作业才可以运行。 -c interval ：定义作业的检查点间隔，如果机器不支持检查点，则忽略此选项。 -C ...

Posted by XiLock on February 8, 2019

2019-每周补脑6th

它山之石越是亲密的关系越是要保持微妙的距离，哪怕只有一毫米。下山虎必往高处走，哪怕上手只能做凤尾。永远不要恨你的竞争对手，理解他们。成功之前，别要脸，成功之后，别要钱。适当的奉承拍马并不可耻，这叫善于打开人际网络。天大地大，比不过胆子大。把钱当最重要的事，但不是唯一的事。读书是人生最高性价比的投资，但是却鲜有人真正投入。好心好肺，...

Posted by XiLock on February 8, 2019

gmx Gromacs安装教程（+MPI+GPU加速版）及相关

GMX安装一、安装fftw-3.2.2，安装路径为/opt/fftw-3.2.2 http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz下载. tar xzvf fftw-3.3.4.tar.gz cd fftw-3.3.4 ./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-sse2 --enable-avx --e...

Posted by XiLock on February 2, 2019

2019-每周补脑5th

思考思考三棱镜第一步，校准目标B。目标要符合SMART原则，同时要避免把手段当成目标；第二步，重构方法A。现状是由原来的方法导致的，因此，想要改变现状，不是从现状出发，添加一个新的解决方案，而是回过头，重构原来的方法系统。第三步，消除变量C。如果AB都没有问题，问题依然存在，一定存在着变量，你可以通过「象、数、理」这个基本框架来寻找它，并通过5Why的提问方法，挖掘真...

Posted by XiLock on February 2, 2019