神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

服务器配置

其它电脑连接服务器网线直联保证其它电脑（如你的笔记本）跟服务器处于同一局域网内（直接将服务器的网线连接到你的电脑）；将笔记本的IP地址该为跟Server一致，如：server的IP为11.11.11.1-11.11.11.9则笔记本的IP地址可设置为11.11.11.0或类似11.11.11.109之类的，子网掩码设置为255.0.0.0；用putty/xshell测...

Posted by XiLock on December 29, 2019

gmx 冷冻电镜耦合分子动力学模拟分析蛋白结构

参考资料： Automated cryo-EM structure refinement using correlation-driven molecular dynamics Automated cryo-EM structure refinement using correlation-driven molecular dynamics

Posted by XiLock on December 28, 2019

2019-每周补脑27th

它山之石言论有人认为，日本善于复制其他国家的东西。我不这样认为，日本人所做的是重塑事物。他们对别人的发明进行研究，直到完全理解为止。某些情况下，他们比原始发明人更了解它。基于这种理解，他们将在更精致的第二代版本中进行重新发明。不过，只有那种东西变化不大时，该策略才能奏效，音响和汽车行业就是两个例子。当目标行业快速发展时，这种策略就很困难，因为重新发明需要几年时间（，而原始发明已经被...

Posted by XiLock on December 28, 2019

MS 安装及使用问题

下载地址 Materials Studio 2017破解版 (附安装教程) 有的电脑可能安装完某些模块不能运行，经测试有些win7不行，有的win8可以（再次测试后发现可能是因为处理器太旧或者太low不支持）。 Cannot find licensing library: ls_license_vs2008.dll 问题描述：安装完打开时提示“Cannot find licen...

Posted by XiLock on December 25, 2019

MS 模块介绍及入门

教程建模 MS建模教程三步法基于Materials Studio的异质结构建模技巧各模块细节介绍： Materials Visualizer： Materials visualizer 是Materials Studio 的图形化界面，也是整个平台的核心，可用于：搭建、调整各类三维可视的结构模型，包括晶体、小分子、聚合物、纳米材料、团簇、表界面、各种缺陷结...

Posted by XiLock on December 25, 2019

gmx 水分析

参考资料： GROMACS分析教程：使用g_select计算平均滞留时间氢键分析 gmx hbond -s -f -num -life -dist -b 注： -num生成氢键数 -life计算氢键寿命，能够说明氢键的稳定性，第一列（横坐标）是时间，第二列大抵是氢键能连续保持这么长时间不断掉的几率。第三列是前两列相乘。（Manual: 8.13 Hydroge...

Posted by XiLock on December 19, 2019

gmx 自由能计算

参考资料： GROMACS教程：自由能计算：水中的甲烷教程翻译—-使用GROMACS计算乙醇分子溶剂化自由能 Gromacs结合自由能计算教程-筱朗 Introduction to free energy and cases- gmx 3.1 [文献推荐] 结合自由能计算：MD vs. QM 原理 Free Energy Calculations - TEXAS ...

Posted by XiLock on December 16, 2019

gmx 拉伸分子动力学及PMF计算

参考资料平均力势—-以石墨烯-甘氨酸体系为例教程翻译—-来自窗口采样的甲烷-甲烷之间的PMF 平均力势—-以环糊精-苯酚体系为例 GROMACS教程：伞形采样杂谈自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM GROMACS质心牵引的几点说明前期工作建模；添加溶剂和平衡离子；能量最小化和平衡； SMD mdp: pull code pu...

Posted by XiLock on December 16, 2019

女生化妆

30min+版水–>基底液–>精华–>乳液（春夏）–>面霜（秋冬）–>眼霜（秋冬）–>唇膏复杂版隔离/妆前–>粉底液（彩妆蛋）–>遮瑕–>散粉–>眉笔–>眼影–>眼线笔–>阴影–>腮红–>高光–>口红–>定妆喷雾–>气垫补妆–>粉饼–>卸妆液

Posted by XiLock on December 16, 2019

gmx 石墨烯建模

参考资料：使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子 Gromacs Carbon Nanotube 无限延展的石墨烯 VMD建模。Extension –> Modelling –> Nanotube builder，构建两个方向皆为8 nm的石墨烯，保存为GRA.gro文件。设定盒子，在原有最大尺寸的基础上，x方向加2.456 A，y方向加1.4...

Posted by XiLock on December 11, 2019