神探玺洛克的厨房


如果有天堂,一定是一半厨房,一半书房,然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock


SOME WORKS IS LIKE A FROG, YOU WON'T WANT TO EAT IT AS IT'S DISGUSTING.

THE BIGGEST TROUBLE IS SOLVED ONCE YOU EAT IT IN THE MORNING.

IF IT'S YOUR JOB TO EAT TWO FROGS, EAT THE BIGGEST ONE FIRST.

gmx 批处理提交计算扩散系数的脚本

说明 因为要分别计算60个Ca离子的扩散系数,所以就写了这个脚本,使用时需要提供三种文件: .tpr .xtc .ndx ndx文件要提前处理,利用make_ndx的’splitat’等将每个Ca写入单独的分组,如: [CA58] 95227 [CA59] 95228 [CA60] 95229 脚本 用./文件名 运行脚本,记得提高文件权限。 Calculate_Dif...

2019-每周补脑20th

科研 南京大学 陶农建 王伟课题组 简正模式分析MMGBSA可以得到熵S,但比较麻烦 它山之石 言论 转载

2019-每周补脑19th

它山之石 言论 用金字塔结构从塔尖(结论、论点)到塔基(支撑结论的论据)来进行分享。也就是使用结论先行,自上而下的一个模型。先让听众迅速接收到表达的重点,然后调动对方的好奇心,来推动他的耐心去听完得出这个结论的理由。 表是过程,达才是目的。学会所有表达模型不难,但要让自己表达精准,直抵人心才是最难的。 成为话术高手的关键在于:1、利益的承诺,因为客户只关心自己好处;2、数据化的...

ML python机器学习包的安装及测试

python包 查看已安装的包 安装pip之后(安装python时勾选或自行安装),可用以下命令查看已安装的包: cmd 下 pip freeze 或者 pip list 即可查看已安装的包 安装 Windows安装Python机器学习包 验证是否安装完成及安装的版本: python:安装numpy, Scipy,Matplotlib 测试 Python搭建Numpy、SciPy、Ma...

Labview学习

基础 LabVIEW 入门指南 Virtual Instrumentation LabVIEW 学习札记 推荐书籍:《Labview2018虚拟仪器程序设计第2版》毛琼、王敏等编著

SFA

牛顿环 百度百科:牛顿环 利用牛顿环测定透镜的曲率半径 牛顿环,又称“牛顿圈”。在光学上,牛顿环是一个薄膜干涉现象。光的一种干涉图样,是一些明暗相间的同心圆环。 一种光的干涉图样。是牛顿在1675年首先观察到的。将一块曲率半径较大的平凸透镜放在一块玻璃平板上,用单色光照射透镜与玻璃板,就可以观察到一些明暗相间的同心圆环。圆环分布是中间疏、边缘密,圆心在接触点O。从反射光看到的牛...

gmx Jerkwin老师计算MMPBSA的新脚本——gmxmmpbsa使用说明

声明 原文转自Jerkwin老师,此处转载以便自己日常使用,阅读详细信息还请移步Jerkwin老师的网页。 前言 gmxpbsa对gmx版本有要求且脚本写的很乱,出错了不容易调试; g_mmpbsa安装麻烦,二进制包,windows系统下无法使用,新版g_mmpbsa兼容gmx 5.1.x但不知是否兼容更新版本。 基于以上原因,Jerkwin老师编写了gmxmmPBSA脚本。 gmx...

gmx MMPBSA

前言 Jerkwin老师讲的很详细,看后面之前先读这个: 重要参考:使用GROMACS计算MM-PBSA结合自由能 重要参考:【整理】APBS教程 Gromacs结合自由能计算教程-筱朗 Combined molecular mechanical and continuum solvent approach (MM-PBSA/GBSA) to predict ligand ...

gmx Gromacs如何自定义残基

参考1:GROMACS非标准残基教程1:修改力场与增加残基 参考2:GROMACS非标准残基教程2:芋螺毒素小肽实例 参考3使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件 前言 先看上面的参考资料,下面的介绍仅为参考资料的补充。 pdb2gmx在生成拓扑结构时按照以下顺序:r2b->hdb->rtp->tdb amin...

Gaussian 使用笔记 整理&待阅读

待阅读 静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型 谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响 使用Multiwfn绘制光电子谱 Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法 ###重要 学习量子化学计算必看的博文 - from 谈谈学量子化学如何正确地入门 Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项 Ga...